Попытки восстановления церковного единства и богословское возрождение.
В 1261 г. никейский император Михаил Палеолог освободил Константинополь из–под власти латинян, и православный патриарх вновь занял свою кафедру в Святой Софии. С 1261 по 1453 г. династия Палеологов правила империей, осаждаемой со всех сторон, раздираемой гражданскими войнами и постепенно сужающейся до границ собственно столицы. Церковь, однако, сохранила многое от своего прежнего авторитета, осуществляя юрисдикцию над неизмеримо большей территорией, включающей Русь, далекий Кавказ, часть Балкан и обширные регионы, захваченные турками. Несколько патриархов этого позднего периода — например, Арсений Авториан (1255–1259, 1261–1265), Афанасий I (1289–1293, 1303–1310), Иоанн Калека (1334–1347) и Филофей Коккин (1353–1354,1364–1376) — проявили большую независимость от имперской власти, хотя и оставались верны идее византийскойЛишенный военной поддержки могущественной империи, патриарх Константинопольский был, конечно, неспособен удержать свою юрисдикцию над церквами Болгарии и Сербии, которые добились независимости в годы латинской оккупации. В 1346 г. Сербская церковь даже провозгласила себя патриархатом; в 1375 г., после недолгого протеста, Константинополь согласился его признать. На Руси византийская церковная дипломатия была вовлечена в тяжелый гражданский раздор: между великими князьями Москвы и Литвы, каждый из которых стремился стать во главе освобожденного от монгольского ига Русского государства, началось ожесточенное противостояние. Резиденция «митрополита Киевского и всея Руси» к этому времени находилась в Москве, и подчас, как это было с митрополитом Алексием (1354–1378), он играл решающую роль в работе московского правительства. Церковная поддержка Москвы стала определяющей в конечной победе москвичей и имела отчетливое влияние на последующую русскую историю. Недовольные западнорусские княжества (которые позже образовали Украину) могли лишь добиться — при сильной поддержке их польских и литовских повелителей — временного назначения самостоятельных митрополитов в Галиции и Белоруссии. Впоследствии, в самом конце XIV в., митрополиту, находившемуся в Москве, снова удалось достичь централизации церковной власти в России.
Императору Михаилу Палеологу (1259–1282) пришлось столкнуться с агрессивными притязаниями Карла Анжуйского, короля норманнского Сицилийского королевства, мечтавшего о восстановлении в Константинополе латинской империи. Дабы получить необходимую поддержку папства против Карла, Михаил послал пролатинское исповедание веры папе Григорию X, и его посланники заключили унию с Римом на Лионском соборе (1274). Эта капитуляция перед Западом, инициированная императором, почти не получила одобрения со стороны церкви. Михаилу удалось поставить над Константинопольской церковью Восточного католического патриарха Иоанна Векка, но после смерти императора православный собор осудил унию (1285).