Московская держава, однако, сильно отличалась от Византии и своим политическим устройством, и культурным самосознанием. Византийская «симфония» (гармонические взаимоотношения) между императором и патриархом никогда реально не привилась в России. Секулярные цели Московского государства и воля монарха всегда преобладали над каноническими и религиозными соображениями, которые еще сдерживали средневековых императоров Византии. На московскую политическую идеологию всегда больше влияли начала западноевропейского секуляризма и азиатского деспотизма, нежели римского или византийского права. Если сильные византийские патриархи Константинополя были в целом способны противостоять открытому насилию над вероучением или каноническим правом со стороны императоров, то их русские преемники оказались здесь довольно слабы; единственное исключение — свт. Филипп, митрополит Московский (1566–1568), который отважился осудить злоупотребления Ивана IV, за что был смещен и замучен.
Кризис идеологии «третьего Рима» пришелся на середину XVII столетия. Могущественный патриарх Никон (1652–1658) решил восстановить власть и авторитет церкви, объявив патриаршее служение высшим по отношению к царскому. Он склонил царя Алексея Романова принести покаяние за преступление его предшественника против свт. Филиппа и присягнуть на верность церкви. Одновременно с этим Никон попытался разрешить старую проблему русской церковной жизни — проблему богослужебных книг. Переведенные с греческого, эти книги на протяжении веков подверглись множеству искажений и содержали бесчисленные ошибки. Кроме того, разница в историческом развитии России и Ближнего Востока привела к различиям и в литургической практике русских и греков. Никон вознамерился привести всю русскую практику в точное соответствие с греческими образцами. Его литургическая реформа привела к главнейшему расколу в Русской Церкви. Народные массы всерьез уверовали, что Москва — последний оплот православия. И недоумевали: почему Россия должна перенимать практику греков, которые во Флоренции предали православие и были за то справедливо наказаны Богом, оказавшись пленниками неверных турок? Реформистские указы патриарха были отвергнуты миллионами представителей низшего клира и мирян, ушедших в раскол, или схизму «староверов». В конце концов, из–за своего противостояния царю Никон был низложен, но его богослужебные реформы были утверждены большим церковным собором, проходившим в присутствии двух восточных патриархов (1666–1667).
Реформы Петра Великого (1682–1725).
Сын царя Алексея Петр Великий изменил историческую судьбу России, радикально отвернувшись от византийского наследия и реформировав государство по образцу протестантской Европы. Уязвленный временным подчинением своего отца патриарху Никону, Петр после смерти патриарха Адриана в 1700 г. воспрепятствовал выборам нового патриарха. После долгого вдовствования престола он и вовсе упразднил патриаршество (1721) и преобразовал центральное церковное управление в государственный департамент, получивший наименование «Святейшего Правительствующего Синода». Высший имперский чиновникДействия Петра ознаменовали вступление Русской Церкви в новый период ее истории, длившийся вплоть до 1917 г. Не все прямые последствия царских реформ были негативными. Поскольку церковными советниками Петра были украинские архиереи, выпускники Киевской академии, в России была введена западная система богословского образования; самым знаменитым среди этих архиереев был друг Петра Феофан Прокопович, архиепископ Псковский. На протяжении всего XVIII в. Русская Церковь продолжала свою миссионерскую работу в Азии, а также обогатилась рядом духовных писателей и святых, в числе которых свт. Митрофан Воронежский († 1703) и свт. Тихон Задонский († 1783) — почитатель немецкого лютеранина Иоганна Арндта и германского пиетизма; многими выдающимися святителями и учеными, такими как митрополит Московский Платон (Левшин, † 1803). Однако все попытки оспорить власть царя над церковью заканчивались неудачей. Так, Ростовский митрополит Арсений (Мацеевич), воспротивившийся секуляризации церковного имущества императрицей Екатериной II, был лишен сана и умер в заключении (1772). Возобладавшая в России атмосфера секуляристского бюрократизма не благоприятствовала возрождению монашества, однако оно все же состоялось благодаря усилиям молодого киевского ученого Паисия Величковского (1722–1794), ставшего настоятелем Нямецкого монастыря в Румынии. Его славянское издание «Добротолюбия» способствовало возрождению традиций исихазма в России XIX в.
Православные церкви в XIX в.