После новгородских походов Ивана III Соловецкий монастырь оказался в московских владениях. В 1479 г. Иван III выдал Соловкам грамоту, подтверждающую право монастыря на владение островами, данное ему новгородской посадницей Марфой Борецкой.
Обитель на островах возникла в 30-е гг. XV в. (по мнению Д. С. Лихачева – во второй половине 30-х гг.). У истоков обители стояли святые Савватий, Зосима и Герман.
Их жития созданы основателем соловецкой библиотеки, учеником Зосимы игуменом Досифеем, использовавшим устные рассказы Германа о Зосиме и Савватий. Предисловие к ним было написано знаменитым Максимом Греком. Интересно, что Досифей стремился к предельной простоте и прозрачности языка, избегал словесных ухищрений. Максим Грек объяснял это необходимостью сделать жития понятными населявшим Север народам, «мало сведущим российского языка»: ведь соловецкие монахи обращали свою проповедь не только к тем, кто был воспитан в православной вере, и вели миссионерскую деятельность.
Рассказ о том, как создавался монастырь, содержится в житиях; исследован он был также во многих работах. История монастыря – это история подвижничества людей, добровольно избравших жизнь в очень суровых условиях. Первые обитатели Соловков копали огороды, рубили дрова, варили из морской воды соль, которую меняли на хлеб. Монахам приходилось не только преодолевать сопротивление северной природы, но и вести дипломатическую борьбу с Новгородом.
До нас дошел рассказ об изгнании Зосимы Марфой Борецкой. Долго помнили новгородцы проклятие соловецкого отшельника, пришедшего к новгородской посаднице «с малыми просьбами»: «Настанут дни, когда обитатели этого дома не будут ходить по двору, затворятся двери дома и более не отворятся, запустеет двор». Марфа раскаялась, возвернула старца, да поздно было. На пиру у Марфы трижды поднимал голову Зосима – и трижды видел шестерых людей без голов. Свое видение Зосима поведал ученику Даниилу, так сюжет попал в житие. В 1478 г., вскоре после поездки Зосимы, Иван III, овладевший Новгородом, казнил, как иногда предполагают, именно тех людей, кого Зосима видел обезглавленными. Кстати, умер Зосима в тот же год, год утраты Новгородом независимости.
Особую роль в истории Соловков и всей Руси сыграл Филипп Колычев. Выходец из боярской семьи, этот игумен Соловецкого монастыря не только умело руководил его многообразной деятельностью, но и вкладывал в развитие монастырского хозяйства свои личные средства. Комплекс построек, возведенных под руководством будущего митрополита Московского, – это не только уникальный архитектурный памятник, но и выдающееся достижение русской технической мысли середины XVI в. В 1552 г. начали постройкой каменную церковь Успения, в 1558 г. – Преображенский собор. Эти два сооружения создавали монументальный центр монастыря; впоследствии они были связаны между собой галереями и другими зданиями.
И при Филиппе, и при других настоятелях Соловецкий монастырь был одним из важнейших на Севере очагов рационального ведения хозяйства.
Не только духовной культурой, не только стенами и башнями славны были Соловки. Через монастырское хозяйство – рыбную ловлю и пекарни, портомойни и столярные мастерские, сушильни и коптильни – прошли многие тысячи мужиков-трудников (имеются в виду крестьяне, которые, совершив паломничество в монастырь, оставались в нем, чтобы поработать в тамошнем хозяйстве). Архангельские и вологодские, костромские и новгородские, карельские и пермские люди получали здесь лучшие рабочие навыки, распространившиеся потом повсюду. И до сих пор еще в сундуках и шкатулках, хранимых по деревням и городкам русского Севера, можно найти дедовы и прадедовы свидетельства о том, что такой-то и сякой-то прошел полный курс ремесел в Соловецкой обители у святых Зосимы и Савватия.
На островах был устроен кирпичный завод, выделывавший кирпич очень хорошего качества. Весьма совершенна была и применявшаяся при возведении монастырских зданий строительная техника. Благоустройство островов всегда считалось важнейшей задачей соловецких настоятелей.
Игумен Филипп на свои средства соединил Святое озеро с 52 другими озерами; по его указанию насельники монастыря и трудники рыли каналы, устраивали водопровод и водяные мельницы. Была проложена целая сеть удобных дорог, построены деревянные и каменные склады и кельи. Были на островах скотный двор и кузница, где не только ковались необходимые орудия труда, но и развивалась художественная ковка, где делали, например, решетки, замки.