В результате 1 июня 2016 года Священный Синод Болгарской Церкви призвал отложить проведение Собора и заявил, что Болгарская Церковь не примет в нем участие в том случае, если он все же состоится в ранее намеченные сроки. 3 июня в связи со сложившейся кризисной ситуацией, ставившей под угрозу проведение Собора, Священный Синод Русской Православной Церкви собрался на экстренное заседание. Синод констатировал, что решение Болгарской Церкви, а также
Одновременно с этим Священный Синод Антиохийской Церкви 6 июня постановил, что до тех пор, пока не будет разрешена проблема Катара, Антиохийский Патриархат не станет принимать участие в работе Собора. 10 июня о неучастии в Соборе заявила Грузинская Церковь. Отложить проведение Собора призывал и Сербский Патриархат, который впоследствии изменил свое решение и направил делегацию на Крит.
Заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. 13 июня 2016 г.
В этих непростых условиях Священный Синод Русской Православной Церкви на заседании от 13 июня 2016 года принял специальное заявление «О ситуации, возникшей в связи с отказом ряда Поместных Православных Церквей от участия в Святом и Великом Соборе Православной Церкви». В документе сообщалось, что Московский Патриархат поддерживает предложения вышеупомянутых Церквей отложить проведение Собора и не будет участвовать в его работе в том случае, если он будет проведен в ранее намеченные сроки.
Тем не менее, несмотря на позиции четырех Церквей, Собор все же был проведен на Крите 18–26 июня 2016 года. В нем приняли участие Предстоятели и представители десяти общепризнанных Поместных автокефальных Церквей. Оценивая состоявшееся на Крите собрание, Священный Синод Русской Православной Церкви на заседании от 15 июля подчеркнул, что
Заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. 15 июля 2016 г.