Однако при дворе молодого царя нашлась заступница угасающего старика; это была тетка Федора Алексеевича, царевна Татьяна Михайловна, с детства благоговевшая перед величавою личностью Никона. Кроме нее, за опального стал хлопотать бывший учитель царя, монах Симеон Петровский-Ситианович, обыкновенно называемый по месту рождения Полоцким; он приехал в Москву в 1664 году и мог, в качестве постороннего зрителя, по справедливости оценить все пошлые нападки на отрекшегося от власти патриарха. Хлопоты этих двух светлых и честных личностей не пропали бесплодно, и Федор Алексеевич своею властью облегчил положение Никона и не велел его стеснять; затем предложил патриарху Иоакиму перевести изгнанника в любимый его Новый Иерусалим. Узнав об этом, монахи созданного Никоном монастыря подали царю со своей стороны челобитную, умоляя возвратить им Никона, “как пастыря к стаду, как кормчего к кораблю, как главу к телу”. Но Иоаким заупрямился.
Не в меру ревностный архипастырь забывал, что место административной ссыпки назначали не патриархи, а светская власть в государстве. Желая оставаться на почве легальности, настойчивый, несмотря на свою болезненность, Федор Алексеевич несколько раз повторял свою просьбу, а затем созвал собор; однако собор, руководимый упрямым председателем-патриархом, не исполнил желания царя. Рассерженный явною несправедливостью царь написал Никону самое дружеское письмо, но вскоре пришло извещение от кирилово-белозерского архимандрита Никиты, что Никон болен, принял схиму и близок к смерти; поэтому он спрашивал разрешения: как и где похоронить бывшего патриарха. Федор Алексеевич снова обратился к собору с просьбою сжалиться над заточником и хотя бы перед смертью порадовать его свободою. На этот раз патриарх Иоаким смягчился, и собор благословил молодого царя возвратить умирающего Никона из заточения, в котором тот пробыл почти четырнадцать лет.
Царь немедленно командировал дьяка Чепелева перевезти Никона в Новый Иерусалим. Это состоялось в начале августа 1681 года, после смерти первой супруги Федора Алексеевича, Агафьи Семеновны, скончавшейся после родов 14 июля. В это время Никон с трудом владел ногами, вследствие болезни и истомления, трудно переносимого в его годы. Из монастыря Чепелев бережно перевез больного старика на берег Шексны, здесь пересели в ожидающий их струг и отправились, согласно желанию освобождаемого, на Ярославль. Везде по пути стекался народ, инстинктивно сознававший, что безвинно пострадавшему старику наконец-то оказана справедливость; вопреки казуистическим доводам греческих юристов, которых народ не понимал все 14 лет, все встречали патриарха Никона, а не простого монаха, все почтительно просили архипастырского благословения и радушно приносили все нужное путешественнику. 16 августа утром струг остановился у пристани Толгского-Богородического монастыря, в восьми верстах от Ярославля. Игумен с братиею встретили с почетом бывшего патриарха, который приобщился святых тайн и приготовился переплыть с левого берега Волги на правый, в устье Которости, где стоит Ярославль. Тут явился спасо-ярославский архимандрит Сергий, который глумился и издевался над Никоном во время суда патриархов. На этот раз архимандрит униженно стал просить прощения за старое, кланялся Никону в ноги и уверял, что наносил ему оскорбления не по своему хотению, а подчиняясь воле собора; другими словами, к одной подлости он прибавил другую, клевеща на отсутствующих. Находясь в положении счастливого человека, выпущенного на волю из темницы, Никон не мог сердиться теперь ни на кого, а потому добродушно простил архимандрита Сергия.
Наступило веселое утро 17 августа, и струг отплыл от монастыря, причем около постели Никона сидели оба архимандрита, Никита и Сергий. Толпы народа из города и окрестных сел встретили путешественников на берегу Которости, куда струг вошел с Волги. Оказалось затруднительным причалить к пристани, по причине мелководия речки, и усердный народ бросился в воду и дружно вынес струг на берег. В это время Никон был в совершенном изнеможении и ничего уже не мог говорить, пока народ приветствовал его, целуя ему руки и ноги. День уже склонялся к вечеру, и в Ярославле начали благовестить к вечерне; в это время Никон немного ободрился, оглянулся на веселый берег, залитый народом, и начал оправлять себе волосы, бороду и одежду, как бы готовясь войти в город. Архимандрит Никита понял, что наступает торжественная минута для маститого старца, и начал читать отходную. Никон потянулся на постели, сложил руки на груди и тихо угас, прожив 76 с небольшим лет.