На соборе 1654 года Никон постарался намечаемую им церковную реформу выдать за дело представителей всей русской церкви, показать, что его реформаторская деятельность опирается на согласие и одобрение целого собора, а не есть только его личное дело, или дело небольшого кружка лиц, хотя бы очень сильных и великую власть имеющих. Но этим Никон далеко не достиг своей цели, — оппозиция его реформам нисколько не была ослаблена собором 1654 года.
Дело в томе, что собор 1654 года уполномочивал Никона произвести исправление замеченных им погрешностей в церковных чинах и обрядах на основании старых харатейных книг славянских и греческих, а вовсе не на основании печатных заграничных греческих книг, или на основании современной греческой церковной практики, по указанием и под руководством современных греков. Во всех ответах на вопросы и указание Никона, собор очень ясно и определенно заявлял, что те или другие погрешности «достойно и праведно исправити противо старых харатейных и греческих»; или: «и рече собор положити против древних уставов», т. е. собор желал и уполномочивал Никона производите исправление по древним славянским переводам и по древним греческим спискам так, чтобы эти исправление опирались исключительно на греческую и русскую старину, а вовсе не на современную только греческую церковную практику. Затем, собор не уполномочивал Никона производить реформы в той области обряда, которая ранее была ограждена от всяких перемен клятвою Стоглавого собора (двуперстие, двоение аллилуии), хотя этот русский обряд и расходился с тогдашним греческим обрядом. А между тем Никон стал потом исправлять наши церковные книги по греческим венецианским изданием, наши церковные чины и обряды на основании современной ему практики греческой церкви, по указанием и под руководством разных случайных заезжих в Москву гречан, стал, опираясь на греков, изменять и переделывать и тот обряде, который был огражден от всяких перемен клятвою Стоглавого собора. Ясное дело, что Никон, в своей последующей реформаторской деятельности вовсе не стоял на почве строго соборных полномочий 1654 года, и всякая попытка в последующей деятельности Никона видеть только приложениe полномочий, данных ему на соборе 1654 года, будет просто натяжкою, не оправдываемою самым ходом дел.