Однажды только Никон не согласился с указаниями и настояниями патриарха Макария и поступил самостоятельно. Это именно в вопросе об освящении воды в праздник Богоявления. Убедившись из древних греческих и славянских книг, что в древнее время освящение воды в праздник Крещения Господня совершалось один раз и именно: в навечерии праздника, и не в церкви, а на реке, Никон издал по этому поводу следующее соборное постановление: «мы убо, по данной благодати нам от пресвятого и животворящего Духа, должны есмы, последующе святым и богоносным отцем, погрешенное от некоторых невежд, исправити, да тверд и непоколебим чин святые восточные церкве соблюдается, я коже и о чине в навечерии святых Богоявлений, како исходити ко крестильнице, в греческих древних и в русских старых харатейных уставех писано. И аще кто, по сем нашем завещании, дерзнет инако мудрствовати, и не в навечерии святого Богоявления водоосвящение действовати, — еже есть в 5 день иануарие, — якоже святые отцы уставили и затвердили, но на самый праздник святого Богоявления действовати, яко же и прежде, не повинуясь отеческому преданию, да будет церковной казни повинен, еже есть: проклятию и отлучению». Против такого образа действий Никона по данному вопросу решительно восстал патриарх Макарий. Павел Алепский рассказывает: «в праздник крещения, когда Никон намеревался совершить службу водоосвящения, только один раз и когда это его намерение дошло до сведения нашего владыки патриарха, последний отправился к нему и убеждал его, что такое действие неправильно... но в этом случае Никон не захотел послушать (Макария), отвергнув его авторитет по сему предмету. Царь, между тем, думал, что Никон, именно по совету нашего владыки патриарха, совершил обряд так, как совершил его; но теперь, когда до его сведения дошло, что дело было наоборот, он поспорил с ним и выбранил его, назвав мужик 6л...н сын, т. е. глупый крестьянин. Патриарх сказал ему: «я твой духовный отец, зачем же ты оскорбляешь меня?» На что царь отвечал: «не ты мой отец, а святой патриарх антиохийский воистину мой отец».... Этот рассказ Алепского о ссоре царя с Никоном, при чем царь будто бы обругал Никона, есть, конечно, просто сплетня, составленная недоброжелателями Никона и которую Павел, сам не бывший свидетелем этого события, подхватил у какого-нибудь болтуна, желавшего этим понравиться антиохийцам. Никон, не смотря на все убеждения Макария сохранить прежний чин водоосвящения т. е. совершать его по-прежнему дважды: в навечерии крещения в церкви и на реке в самый день крещения, остался при своем мнении, как обязательном для всей русской церкви. Впоследствии собор 1667 года сделал поэтому вопросу такое постановление: «повеление же и клятву, еже нерассудно положи ю Никон, бывший патриарх, о действе освященные воды на святых Богоявлений, еже действовати единощи, точию в навечерии, разрешаем и разрушаем и в ничтоже вменяем. Повелеваем же и благословляем творити по древнему обычаю святые восточные церкви и по предании святых и богоносных отцев: в навечерии действовати освящение святых вод в церквах, и по утрени — на реке, яко же повелевают и вси церковный уставы теже молитвы глаголати и действовати». Справедливость требует однако заметить, что правда была на стороне Никона, когда он утверждал, что древняя христианская церковь знала только одно водоосвящение — в навечерии Богоявления, так как этот чин, выродившийся из обычая крестить оглашенных в ночь Богоявления, действительно в древней христианской церкви совершался только один раз и именно — в навечерии Богоявления. Так продолжалось до XI — XII века, когда стал вводиться обычай двойного освящения воды: в навечерии в церкви, а в день праздника на реке. Никон Черногорец для двукратного освящения воды не находить оправдания и оснований ни в письменных источниках, ни в практики великой церкви, ни в уставах — иерусалимском и студийском. В славянских уставах иерусалимской редакции говорится то о двукратном, то об однократном водоосвящении. В греческой церкви обычай двукратного водоосвящения окончательно возобладал, с течением времени, над однократным и сделался всюду господствующим. Но, очевидно, сравнительно с однократным водоосвящением, он был обычаем новым, не смотря на его всеобщую распространенность.