Никон поклонился иконам и, взяв посох Петра митрополита, сел в сани за воротами Кремля. Но прежде отряс он прах с ног своих с Христовыми словами: "Где не приемлют вас — исходите из града того, и прах, прилипший к ногам вашим, отрясайте, свидетельствуя на него; сего ради и я прах, прилипший к ногам моим, отрясаю вам!" "Ничего, — сказал стрелецкий полковник, — мы прах сей подметем!" "Разметет вас сия метла, — молвил Никон, указывая на явившуюся в небесах комету, — что реет на небеси!" Пока он ехал в свою обитель, государь с архиереями и боярами совещались, как забрать святой посох. Решили, если посох несет иподьякон — отнять, если же у самого Никона в санях или в руках — просить честью, а пока не отдаст, не отходить. Задержанный на двое суток в селе Черневе, Никон не стерпел озлобления — послал врагам посох, а царю письма, которые писал к нему бедный Зюзин. Матвеев и Нащокин насилу доказали, что не говорили от имени царя с осужденным Зюзиным. Да и трудно было поверить, чтобы два злейших врага согласно действовали.
Жестокое время усилило стремление Никона к монашеским подвигам. Он омывал ноги двухсот или трехсот богомольцев в праздники, ел вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из рыб, коих сам ловил. Работал в овчине и грубой рясе цвета пепла, подпоясанный широким кожаным поясом, в церковь надевал мантию из черного сукна, посох носил из ветви. В посты уходил в пустынь, истязал плоть поклонами и молитвами.
Царь собирал на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы. Но не находили русские архиереи правила, чтобы законно лишить патриарха сана, а Никон стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит, придет назад.
Всего шесть лет правил Никон Церковью (1653 — 1658 гг.), а распря с государем длилась уже более восьми (1658 — 1666). Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Договорившись с искателями милостыни и взяв подписки с русских иерархов, государь организовал осуждение Никона церковным собором.
В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию. Перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали веление явиться на собор и дать ответ, почему он оставил престол. Никон не отказал себе в удовольствии заметить, что патриархи не знают церковных правил. За оставившим епархию епископом полагалось до трех раз присылать двух или трех архиереев, а не каких-то архимандритов и игуменов! Судить же его имеет право Константинопольский или Иерусалимский патриархи, которые ставят на патриаршие престолы, а не Александрийский, живущий в Египте, и не Антиохийский, обитающий в Дамаске! В ответ раздались бесчинные вопли: "Мы тебе не по правилам говорим, а по государскому указу!" Довольный произведенным впечатлением, Никон заметил, что хотя судить его права не имеют, он придет в Москву обсудить духовные дела. Он взял с собой несколько книг и большой крест, который должны были нести перед ним соответственно сану, исповедался и причастился: "Я ныне готовлюсь к небесному Царю". У креста на Елеонской горе он простился с братией и монастырскими работниками; несмотря на мороз и ветер, люди долго плакали.
За несколько часов до рассвета обоз въезжал в Москву. В Смоленских воротах и на Каменном мосту горели яркие огни — свиту Никона осматривали и пересчитывали. В Кремле ворота распахнулись, лишь когда шпионы опознали, а стрельцы схватили верного Никону слугу Иоанна Шушерина. Никона со свитой заперли на одиноком дворе, обоз с продуктами из Нового Иерусалима отогнали на Воскресенское подворье. Голодным и бессонным повлекли патриарха на суд, по дороге не раз останавливая с требованием, чтобы шел без креста. Сани патриарха пробирались между толпами народа мимо Благовещенского собора: из врат доносилось пение, Никон хотел войти помолиться, но двери захлопнулись перед ним. У паперти стояли богато украшенные упряжки восточных патриархов, кони их были увешаны соболями. Никон поставил рядом свою клячу и крестьянские сани.