Митрополит Сергий морально поддерживал паству, оставшуюся на оккупированной территории, призывал верующих участвовать в партизанском движении и помогать ему. В послании от 13 декабря 1942 года говорилось: «Народ наш не думает отказываться от вас. Он не мирится с захватом ваших областей фашистами. Готовый на всякие жертвы ради родины, он не положит оружия, пока не прогонит врага вон. Поэтому и в оккупированных областях враг в общем встречает не покорность и малодушное прислужничество, а партизанскую войну, которая подтачивает с каждым днем его силы и доставляет ему беспокойства немногим меньше, чем война на фронте. Участник партизанской войны не только тот, кто с оружием в руках нападает на вражеские отряды. Участник и тот, кто доставляет партизанам и хлеб, и все, что им нужно в их полной опасности жизни; кто скрывает партизан от предателей и немецких шпионов; кто ходит за ранеными и пр. Помоги Бог и вам внести в общенародное дело все, что каждому посильно и подручно. Не дайте врагу чувствовать себя хозяином вашей области, жить в ней сытно и безопасно. Пусть и тыл для него не будет лучше фронта, где громит его наша Красная Армия, неуклонно гоня врагов все ближе и ближе к нашей западной границе. Уже не так далек день, когда вы будете радостно встречать ваших братьев-освободителей»[191]
.В 1942 году в Советском Союзе широко развернулось движение по сбору средств на строительство самолетов, торпедных катеров, танков. На деньги советских граждан — колхозников, рабочих, комсомольцев, пионеров, молодежи — построено было более сотни танковых колонн. Митрополит Сергий 30 декабря 1942 года призвал паству присоединиться к общесоюзному движению и жертвовать средства на строительство особой танковой колонны — имени Дмитрия Донского. «Пусть наша церковная колонна имени Димитрия Донского, — писал митрополит, — понесет на себе благословение Православной нашей церкви и ее неумолчную молитву об успехе русского оружия. Нам же всем даст утешительное сознание, что и мы не останемся стоять в стороне, что и мы по нашей силе и способности участвуем в святом деле спасения родины»[192]
.Уже в феврале 1943 года в телеграмме главнокомандующему И. В. Сталину в связи с 25-летием Красной армии патриарший местоблюститель сообщал о собранных за короткое время шести миллионах рублей на постройку танковой колонны и о продолжении сбора необходимых средств.
По просьбе Всеславянского комитета борьбы с фашизмом митрополит Московский Сергий в 1942–1943 годах обращался с воззваниями к православным церквям Европы, к духовенству и верующим, к солдатам из Греции, Югославии, Чехословакии, Румынии, сражавшимся на Восточном фронте.
Важными событиями в жизни церкви в период нахождения митрополита Сергия в эвакуации стали Архиерейские соборы 1942 года. В марте в Ульяновск съехались 11 иерархов, практически все находившиеся на свободе и не оставшиеся в оккупации. Обсуждался вопрос о церковной ответственности епископа Поликарпа (Сикорского), провозгласившего об образовании неканонической автокефальной Украинской православной церкви, опиравшейся в своей деятельности на содействие и поддержку немецких властей. Собор осудил действия Поликарпа и не признал автокефалии Украинской церкви. Тем самым подтверждалось принятое в феврале 1942 года специальное обращение митрополита Сергия к украинской пастве в связи с образованием автокефальной православной церкви. В нем подробно говорилось об отступлениях этой псевдоцеркви, осуждалась раскольническая деятельность Поликарпа, за которую он подлежал лишению священства, а совершаемые им хиротонии признавались безблагодатными, распоряжения же в адрес православных приходов — не подлежащими к исполнению. В последующем Пасхальном обращении к украинской пастве митрополит Сергий разъяснил причины и обстоятельства принятого решения Собора. Немаловажным был тот факт, что позиция Московской патриархии нашла понимание и поддержку Восточных патриархов, о чем они сообщили в специальных телеграммах.
22 сентября 1942 года в заседании Архиерейского собора участвовали 13 иерархов и они обсуждали поведение четырех прибалтийских епископов, которые публично выразили поддержку немецким оккупантам, направив приветственное обращение Гитлеру. Позиция Русской церкви была выражена в Определении Московской патриархии. В нем от архиереев Прибалтики было потребовано объяснение по факту их политического выступления и принятие «мер к исправлению допущенного ими уклонения от линии поведения, обязательной для архиереев, состоящих в юрисдикции Московской патриархии». При поддержке спецведомств Определение Собора распространялось на оккупированной территории, безусловно, осложняя положение митрополита Сергия Воскресенского в его взаимоотношениях с оккупационной властью, с населением, с патриотически настроенными рядовыми верующими, с партизанскими отрядами.