Религиозный и политический мир Европы пришел в 1798 г. в затруднение, в каком пребываем сейчас и мы, стараясь проникнуть в смысл этих неожиданных решений. На этот раз папа Пий VI выступил с энергичным протестом против низложений Гомпеша и назначения ему преемника. Потом, написав царю, он объявил, что не может дать ему какой бы то ни было титул, имеющий малейшее отношение к гроссмейстерству ордена. Если политические соображения принуждали другие Дворы оправдать преступление, совершенное в Петербурге, римский первосвятитель скорее уничтожит самое учреждение, чем согласится на насилие, которому оно подверглось. Объяснения обоих Литта, кажется, изменили потом в сознании Пия VI это первое впечатление. По свидетельству русского посла в Риме, Лизакевича, папа даже заявил ему, что с удовольствием видит Павла во главе ордена, и что, ища, в случае нужды, убежища на Мальте, сам отдастся под покровительство государя. Но эта внезапная перемена произошла несомненно благодаря надежде на религиозное сближение. Сведения, посылаемые из России в Ватикан братьями Литта, становились в этот момент такими заманчивыми, что Пий VI высказывал намерение совершить путешествие в Петербург, чтобы непосредственно переговорить с Павлом об этом важном деле. Пока же он воздерживался от какого бы то ни было акта, в форме буллы или простой грамоты, которая бы выразила его согласие на новое положение вещей, и так как в последующие месяцы не произошло ничего такого, что могло бы служить подтверждением пробужденных в нем иллюзий, то он так и умер, оставаясь в этой неизвестности.
Державы, втянутые в коалицию против Франции, не сделали ничего для облегчения замешательства римского первосвященника. Оставляя в стороне вопрос об обладании Мальтой, протестантская Англия не могла здесь иметь, конечно, никаких возражений. Витворт не задумывался, в особенности перед своими русскими друзьями, оправдывать все сделанное Павлом. Он видел в этом «существенное благо и лишнюю добродетель, обнаруженную императором: охранение и почитание древних учреждений». Но в Вене не знали, на что решиться. Чтобы не раздражать царя, Тугут придумал выход, имевший своей целью выполнение хотя бы требований приличия: он организовал собрание делегатов от различных приорств Германии, которые должны были просить российского императора сделаться тем, кем он уже сам себя провозгласил, т. е. покровителем и верховным главой ордена. Но Павел не принял этой лицемерной просьбы. В декабре 1797 г., после известия о том, что Бавария отказывается признать его протекторат, он уже решил изгнать ее министра, барона Рейхлина. Так как сообщение оказалось ложным, то дипломат пока остался на своем посту, и протест Мюнхенского двора принял другой характер. Будучи в очень стесненных денежных обстоятельствах, курфюрст Максимилиан-Иосиф, после долгих колебаний, решился, в январе 1799 г., уничтожить Баварское отделение ордена, конфисковав его имущество. Он плохо выбрал время. В этот момент несколько русских корпусов двигались к Германии, и, призвав Рейхлина, Павел приказал ему уехать через два часа и объявить своему государю, что если в течение месяца принятая им мера не будет отменена, то генерал Корсаков, находившийся с 50000 человек по соседству с Баварией, получит приказание предать страну огню и мечу. Так как министр опоздал выполнить требование из-за болезни жены, то полицейский унтер-офицер посадил его в карету и проводил до границы.
Царь преувеличивал. Корсаков был еще далеко и вовсе не имел в своем распоряжении 50000 человек, как не имел и возможности дать им такое применение. Но Баварии нужно было, чтобы Россия оградила ее земли от покушений Австрии. Вследствие этого, 18/29 июня 1799 г. первая русско-баварская конвенция определила восстановить баварские приорства и была подписана Павлом в качестве великого магистра ордена. Другая конвенция, от 20 сентября (1 октября), обязывала Баварию сформировать против Франции вспомогательный корпус в 20000 человек, а Россию – потребовать от Англии субсидию на содержание этого отряда. В то же время делегаты от германских, англо-баварских и чешских приорств направились в Петербург, уже не с целью оспаривать звание нового великого магистра, а для выражения последнему знака почтения.