Для торжества справедливости Павлу Анатольевичу понадобилось более двадцати лет. Только 10 февраля 1992 года в связи с открывшимися новыми обстоятельствами, а также неподтверждением или отказом свидетелей от данных против П.А.Судоплатова показаний, в судебном заседании, в соответствии с пунктом "а" статьи 3 Закона о реабилитации жертв политических репрессий от 18 октября 1991 года, он был реабилитирован Главной Военной прокуратурой СССР полностью.
В последние годы жизни Павел Судоплатов опубликовал книгу мемуаров, переведенную на многие языки мира, в которой рассказал о своей жизни.
Умер легендарный чекист 24 сентября 1996 года.
В октябре 1998 года указом Президента РФ Ельцина семье Судоплатова были возвращены изъятые при аресте государственные награды. За заслуги перед отечеством Павел Анатольевич был награжден орденом Ленина, тремя орденами Красного знамени и орденом Суворова 2-й степени, двумя орденами Красной звезды, орденом Отечественной войны 1-й степени, медалями «Партизану отечественной войны» 1-й степени, «За оборону Москвы», «За оборону Кавказа» «За победу над Германией», «За победу над Японией», «XXX лет советской армии и ВМФ», «В память 800-летия Москвы» и Знаком «Заслуженного работника НКВД».