Сам Н. В. Исаков так охарактеризовал необходимость реорганизации всей системы военно–учебных заведений: «
Покинув должность начальника Главного управления военно–учебных заведений в 1881 г., Н. В. Исаков был назначен членом Государственного совета, одновременно он состоял членом совета Императорского человеколюбивого общества и товарищем председателя Общества Российского Красного Креста, членом Главного управления Красного Креста.
Следует отметить, что выпускники юнкерских училищ отнюдь не были отнесены к разряду офицеров «второго сорт»». С организацией юнкерских училищ открылась возможность получить способным юношам из народа военное образование, необходимое для дальнейшего успешного прохождения службы. Достаточно вспомнить генерала от инфантерии М. В. Алексеева
. ОнОрганизация юнкерских училищ позволила повысить качество профессиональной подготовки офицеров. К 1911 г. юнкерские училища были преобразованы в военные.
Реорганизация военного образования по схеме: военная гимназия (прогимназия) — военное училище (юнкерское училище) затронула и Пажеский корпус. В 1868 г. вышло новое «Положение» о корпусе, по которому он был разделен на военную гимназию и военное училище, при этом общее для них наименование — Пажеский корпус было сохранено.
Домашнее воспитание и образование пажей до их поступления в корпус–гимназию стало существенным дополнением к их образованию, о чем в свое время заботился академик Миллер. В тоже время корпус — училище сосредоточилось на подготовке пажей к военной службе преимущественно в гвардейских полках. К этому времени повысился престиж гражданской службы бывших пажей и многие из них, по окончании общих классов, не переходили в специальные классы корпуса.
В 1873 г.
военные гимназии получили окончательное оформление, как семиклассные интернаты реального направления, чуждые профессиональным целям. Однако выпускников военных гимназий по–прежнему не хватало для военных училищ. По этой причине Д. А. Милютин предложил устроить военные гимназии для приходящих малолетних воспитанников из всех сословий, при внесении ими определенной платы за обучение. В 1873 г. были организованы две такие военные гимназии — в Петербурге и Симбирске.Также было обращено внимание на качественный уровень подготовки воспитанников в военных гимназиях и прогимназиях. Показывающие отличные знания учащиеся военных прогимназий (дворяне) переводились в военные гимназии, слабоуспевающие воспитанники переводились в прогимназии, а так называемые «трудные воспитанники» военных прогимназий, главным образом по своему нравственному складу, переводились в специально открытую для такой категории лиц в городе
С 1862 г. в России активно функционировали четыре
военные академии: Николаевская Генерального штаба, Михайловская артиллерийская, Николаевская инженерная — которые были образованы после разделения Императорской военной академии, а также Медико–хирургическая академия. При этом, Николаевская академия Генерального штаба была выведена из подчинения Главного управления. В Медико–хирургической академии готовились медицинские и ветеринарные врачи, а также фармацевты. Для становления академии центром передовой медицинской мысли много сделали профессора И. М. Сеченов и СП. Боткин. При академии находился Центральный военный клинический госпиталь, а в 1872 г. были учреждены «Курсы ученых акушерок» — первое учебное заведение в России для женщин, желавших получить высшее медицинское образование. Военно–учебные заведения стали подчиняться непосредственно Генеральному штабу.