Параллельно с реформированием среднего военного образования шла реформа высшего военного образования
, в том числе и военно–юридического. Специальное военно–юридическое образование в России вело свое начало от Аудиторской школы, образованной в 1832 г. Впоследствии она была преобразована в Аудиторское училище, в котором в 1866 г. был открыт офицерский класс. На его базе в 1867 г. была открыта Военно–юридическая академия. Окончательное Положение о военно–юридической академии было утверждено в 1868 г. Согласно ему в академию принимались штаб — и обер–офицеры. Курс обучения был рассчитан на два года, а ежегодный прием не превышал 25 человек. Аудиторское училище в 1869 г. было преобразовано в Военно–юридическое училище с трехлетним курсом обучения, куда принимались лица, имевшие законченное среднее образование. Таким образом, училище стало высшим военно–юридическим учебным заведением по подготовке гражданских чиновников к службе по военно–судебному ведомству. При этом существовало два однородных высших военно–юридических учебных заведения: одно — для офицеров, другое — для гражданских лиц. Второе по уровню подготовки слушателей и продолжительности курса обучения превосходило первое.Возникшая двойственность поставила вопрос о ликвидации одного из них. Для обсуждения этого вопроса, которое длилось целых шесть лет, было создано Особое совещание под председательством военного министра Д. А. Милютина. В 1878 г.
П. О. Бобровский вступил в командование академией в период ее реорганизации и становления. По существу, ему пришлось быть организатором надежного фундамента военно–юридического образования в России, что было отчасти сопряжено с проходившей в те годы судебной реформой. Учебные программы академии включали углубленное изучение военно–уголовного законодательства, государственного и гражданского права, истории русского права, энциклопедии права, финансового, международного, полицейского и церковного права, судебной медицины, психологии и логики. К чтению лекций были привлечены выдающиеся ученые–юристы Н. А. Неклюдов
(1840–1896), К. Д. Кавелин (1818–1875) и другие. Известный русский юрист и государственный деятель Анатолий Федорович Кони (1824–1927) писал, что П. О. Бобровскому