В 1863 г.
было утверждено «Положение о сохранении воинской дисциплины и наказаниях дисциплинарных», которое устанавливало порядок наложения дисциплинарных взысканий и определяло границы их применения начальствующими лицами. Впервые в русской армии были введены «Дисциплинарный устав» (1869) и новый устав «Внутренней службы» (1877). Дисциплинарная практика стала соответствовать правовым нормам гражданских буржуазных законов, вызванных к жизни судебной реформой в стране. Были введены офицерские суды чести и офицерские собрания.От системы снабжения
, при которой провиантские и комиссариатские департаменты были рассадниками злоупотреблений, армию перевели на снабжение Главным интендантским управлением, и резко сократили число чиновников. Были созданы неприкосновенные запасы на всех уровнях снабжения. Архаичная система хозяйства полка — боевой единицы русской армии, при которой командир полка единолично и безотчетно распоряжался расходованием полковых сумм, была заменена системой траты средств только на основании составленной предварительно сметы. Согласно закону, контроль хозяйственной деятельности осуществляли провиантские комиссии и выборные хозяйственные комитеты. Д. А. Милютин писал:По случаю введения всесословной воинской повинности Александр II
направил военному министру именной рескрипт, в котором писал:Известно, что военное строительство государства тесным образом связано с его внутренней и внешней политикой. Поэтому в вопросах, внутренней политики военный министр был сторонником буржуазных реформ
. Так при обсуждении закона о печати в 1865 г., он был противником сосредоточения власти над прессой в одних руках — Министерства внутренних дел. ОнОднако, Д. А. Милютин, будучи либералом умеренного толка, не исключал возможности преобразований в границах самодержавного строя. Он был сторонником беспощадного подавления восстания в Польше и в этом вопросе оказался в одном ряду с генералом М. Н. Муравьевым (вешателем), министром государственных имуществ А. А. Зеленым и реакционным публицистом 1860–80-х гг. М. Н. Катковым.