Те послабления сурового тюремного режима, о которых просил Прудон, были ему оказаны, но он нарушил свои обещания и продолжал помещать в своей газете политические статьи. Его препроводили в цитадель в Дуллене и вновь запретили ему свидания. Он опять упал духом, писал отчаянные письма префекту полиции и министру внутренних дел, описывал им душевные страдания, которые испытывал в одиночестве, и просил о пощаде. Его просьбу уважили, но с угрозой усилить дисциплинарные взыскания, если он будет продолжать нарушать свои обещания. Прудон покорился и не только не решился сам полемизировать с правительством, но и прилагал все старания, чтобы общее направление “La voix du Peuple” имело более примирительный характер. Раньше он называл себя социалистом, теперь же советует своим сотрудникам по газете тщательно оттенить то различие, которое существует между социализмом и их собственным направлением. Он советует бросить на время политику, от которой все устали, и прежде всего народ, и обратить особенное внимание на то, чтобы их газета не выдвигалась вперед, не брала на себя ни в чем инициативы, так как “инициатива есть мученичество, а истина – такой кинжал, который убивает прежде всего того, кто его пускает в дело”. Сам он во избежание дальнейших столкновений с полицией, решил передавать в ее руки всю свою корреспонденцию с внешним миром.
В обыденной жизни, среди своей семьи, Прудон кажется гораздо симпатичнее, чем на трибуне в Национальном собрании или среди революционной борьбы; трудно поверить, что один и тот же человек может так бодро выносить житейские неудачи и быть таким слабым и боязливым как общественный деятель. Он презирал Наполеона – и тем не менее писал униженные письма его министрам, советовал редакторам своей газеты ладить с правительством. Впоследствии он поддерживал деятельные сношения с принцем Наполеоном, льстил ему и говорил о славе имени Бонапарта в то время, как в частной переписке не находил слов, чтобы выражать свое негодование против узурпатора и его приверженцев. Такая двойственность Прудона вполне объясняет враждебное отношение к нему всех партий. Радикалы его положительно ненавидели и считали подкупленным правительством. Умеренные ему не доверяли и подозревали в нем тайные революционные замыслы. Он мог быть дружен только с людьми, стоявшими в стороне от текущей политической борьбы.
За время своего заключения он лишился всякого политического влияния. Его газета, расходившаяся раньше в 70 тысячах экземпляров, теперь едва могла собрать 15 тысяч читателей и не окупала расходов, хотя на ее страницах от октября 1849 до марта 1850 года Прудон вел чрезвычайно интересную и поучительную полемику с Бастиа, известным экономистом крайнего буржуазного направления, о социальном значении процента на капитал. Прудон сам предложил Бастиа публичный спор на эту тему, обязавшись помещать в своей газете все возражения противника. Спор был веден обоими экономистами довольно искусно, но победа осталась скорее на стороне Бастиа, хотя никто из споривших не признал себя побежденным. Прудон горячился, уклонялся в сторону, не возражал прямо на доводы противника и наполнял целые страницы излияниями об испорченности человеческого рода, излияниями очень красноречивыми, но не к делу. Бастиа возражал более спокойно и логично, и потому его доводы производили на беспристрастного читателя более сильное впечатление, чем расплывчатая аргументация Прудона.
Заключение не мешало Прудону усиленно работать, и он за эти три года написал, помимо множества газетных статей, две крупные вещи – “Признания революционера” и “Идея революции XIX столетия”. Эти сочинения особенно интересны тем, что в них наиболее точно развита теория анархизма как идеального общественного строя, к которому человечество должно стремиться.