В 1862 году Прудон поместил в одном бельгийском журнале несколько статей об Италии и европейской политике вообще. Статьи эти обратили на себя общее внимание читателей, но бельгийская пресса была в высшей степени возмущена ими и обвиняла автора в том, что он желает присоединения Бельгии к Франции. Прудон не имел обыкновения отказываться от боя и с обычной резкостью начал полемику с враждебными органами печати. Борьба разгоралась и, наконец, приняла характер, опасный для самой личности Прудона. Рабочие и уличные мальчишки стали устраивать перед его домом враждебные манифестации, распевали патриотические песни и кричали оскорбления и угрозы по адресу дерзкого француза. По странному недоразумению, несмотря на то, что Прудон все время боролся с честолюбивой политикой Наполеона и никогда не сочувствовал завоевательным планам императора, брюссельское население упорно подозревало его в тайных замыслах против бельгийской свободы. В данном случае, как и во многих других, резкий стиль и пристрастие к слишком энергичным выражениям сыграли с Прудоном дурную шутку. Ему было совершенно невозможно оставаться в бельгийской столице, где он каждую минуту рисковал подвергнуться насилию со стороны раздраженной толпы, и он поспешно переехал, почти бежал в Париж.
Немедленно по приезде в Париж Прудон принялся за окончание начатого раньше труда, в котором хотел систематически развить свои политические взгляды, возбуждавшие столько недоразумений. С 1863 года он издал в Париже книгу “О принципе федерации и необходимости реорганизации революционной партии”.
Это сочинение интересно тем, что в нем Прудон признает неосуществимость своих анархических идеалов, которые десять лет тому назад казались ему осуществимыми в близком будущем. Анархию он заменил федерацией, которая уже не заключает в себе ничего утопического. В сущности, все идеи Прудона казались утопичными только вследствие их формы; если отбросить риторические фигуры, украшения и все преувеличения, явно рассчитанные на эффект, то взгляды Прудона на политические и экономические вопросы будут заключать в себе мало парадоксального и очень часто окажутся далеко не соответствующими его социалистической репутации.
В июне 1863 года во Франции состоялись общие выборы в Законодательный Корпус. Прудон деятельно агитировал в пользу того, чтобы избиратели совсем воздержались от голосования, протестуя таким образом против империи. Избирательная кампания поссорила Прудона с Даримоном, который был депутатом и очень хотел быть вновь выбранным в палату, где он с немногими другими республиканцами составлял оппозицию правительству. Естественно, что он был очень недоволен тактикой Прудона, и их прежние дружеские отношения прекратились.
В начале 1864 года здоровье Прудона очень ухудшилось. В течение нескольких месяцев он не покидал постели, но не мог принимать лежачего положения и засыпал сидя. Ему было чрезвычайно трудно работать, его мысли путались и перо не писало. Между тем, ему
В августе он почувствовал себя немного лучше и предпринял для поправления своего здоровья поездку на родину, в горные отроги Юры. Он повидался с некоторыми земляками, с которыми ему долгие годы не приходилось встречаться и провел несколько дней у своего друга детства – доктора Маге. Между прочим он виделся с престарелым библиотекарем академии Вейсом, который более сорока лет тому назад удивлялся детской любознательности Прудона. Они вспоминали про старые годы, когда один из них был мальчиком, а другой взрослым человеком, и расстались со слезами, растроганные и умиленные воспоминанием о прошлом.
Поездка на родину доставила много удовольствия умирающему Прудону, но не поправила его здоровья. Он пробовал приняться за работу, но последние силы покидали его. Его старшая дочь вела за него переписку, и только за несколько дней до смерти он собрался с силами и сам написал несколько строчек благодарности одному приятелю, Бюзону, который прислал ему корзину прекрасных фруктов. Письмо это было последним. 19 января 1865 года Прудон умер на руках своей жены и старшей дочери.