В первых вариантах роман начинался с Абиссинии, с предков Пушкина, с петровского арапчонка. Тынянову показалось, что эти главы не удались, и работа была отложена надолго. Он вернулся к своему замыслу лишь через год, решив идти вслед за пушкинским планом автобиографии, который относится к 1830 году и публикуется обычно под названием «Программа записок». Эта «Программа» вся помещается на одном листочке и представляет собой настолько краткий перечень событий жизни Пушкина, что некоторые параграфы оставались для исследователей загадкой. «Программа», как известно, доведена лишь до 1815 года.
Нужно было любить и понимать Пушкина, как любил и понимал его Тынянов, чтобы расшифровать эти загадки, эти начатые и брошенные фразы, эти фамилии, которые можно прочесть так или иначе. «Мои неприятные воспоминания», — пишет Пушкин. Какие воспоминания? О чем? «Нестерпимое состояние», —пишет он. Чем оно вызвано? Как его объяснить? Тынянов заново прочел этот маленький текст и положил его в основу первой части своего романа. Так, из строчки: «Юсупов сад. — Землетрясение. — Няня.» — вышла удивительная по своей силе глава, в которой угаданы первые движения души маленького Пушкина, те движения, в которых уже виден будущий гениальный поэт.
Случилось, что самое глубокое знание материала все-таки не давало Тынянову возможности нарисовать историческую картину со всей полнотой. «Представление о том, что вся жизнь документирована, — ни на чем не основано: бывают годы без документов. Кроме того, есть такие документы: регистрируется состояние здоровья жены и детей, а сам человек отсутствует. И потом сам человек — сколько он скрывает, как иногда похожи его письма на торопливые отписки! Человек не говорит главного, а за тем, что он сам считает главным, есть еще более главное. Ну, и приходится обходиться самыми малыми документами. Важные вещи проявляются иногда в мимолетных и не очень внушительных формах. Даже большие движения — чем они сначала проявляются на поверхности? Там, на глубине, меняются отношения, а на поверхности — рябь или даже —все, как было» (сборник «Как мы пишем»). Так, опираясь на ничтожные данные, на то, что можно назвать лишь тенью поступка, мысли, чувства, он угадывал главное и строил на нем свое повествование.
Такой «тенью» была любовь Пушкина «к неизвестной», любовь «необычайная по силе, длительности, влиянию на всю жизнь, им самим не названная» (Ю. Тынянов). Многие исследователи (Гершензон, Щеголев) пытались угадать имя женщины, которую тайно и безнадежно любил Пушкин. Назывались имена Голицыной, Раевской. Прочтя по-своему лицейские элегии, сопоставив рассказы, записанные Бартеневым, изучив отношения Пушкина и Карамзина, Тынянов пришел к выводу, что этой любовью Пушкина была Екатерина Андреевна Карамзина. Он высказал гипотезу, что к ней относится посвящение «Полтавы», что создание «Бахчисарайского фонтана» связано с воспоминанием о Карамзиной, с ее рассказом. Он объяснил их последнее свидание, когда за час до смерти Пушкин позвал Карамзину, когда, прощаясь, она перекрестила его издалека, а он сказал: «Подойдите ближе и перекрестите хорошенько». И лишь окончательно убедившись в своей правоте, Тынянов стал писать об утаенной любви, прошедшей через всю жизнь Пушкина, от лицея до смерти.
В архиве С. М. Эйзенштейна нашлось его письмо Тынянову — глубокое и оставшееся новым — в понимании цвета, который был бы не «раскраской, а внутри-необходимым драматическим фактором» в кинематографии:
«Дорогой и несравненный Юрий! С громадным удовольствием прочел, сидя в доме отдыха в горах на китайской границе, Вашего «Пушкина». В свое время меня в полный восторг привела Ваша гипотеза, изложенная в «Безымянной любви», и развитие этой темы здесь не менее увлекательно» (рукопись).
Пораженный догадкой Тынянова, Эйзенштейн решил поставить фильм, посвященный Пушкину и его утаенной любви. В письме с необычайной отчетливостью раскрыта живописная гамма будущей картины: