В более позднее время – в середине 1740-х гг. – другим богатым членом церковного прихода становится К.М. Матвеев, фабрикант и купец первой гильдии. Среди мелких чиновников, мастеровых, крестьян он был единственным видным прихожанином, который мог перестроить церковь Климента (известно также построение им Спасоболвановской церкви неподалеку). В 1756–1758 гг. на средства богатого купца строятся колокольня и трапезная, а 24 июля 1762 г. ему выдается так называемая «храмозданная грамота» на строительство главного здания собственно церкви, законченное в 1769 г. (по другим сведениям – в 1774 г.). В следующем году тем же «коштом Космы Матвеева» для нее отливается большой колокол.
Исследователь архитектуры русского барокко Т.П. Федотова выдвинула предположение, что проект церкви Климента был сделан в 1750-х гг. петербургским архитектором П.-А. Трезини или кем-нибудь из его помощников, но не выполнен тогда в натуре. Строительство церкви по тому несколько измененному проекту было осуществлено значительно позже московскими архитекторами под руководством, возможно, И.Я. Яковлева.
В окрестности церкви Климента в XVII в. произошло событие, решительным образом повлиявшее на историю Москвы и всего Московского государства. Здесь 24 августа 1612 г. русское ополчение Минина и Пожарского штурмом захватило острог-крепость, где засели войска польско-литовских интервентов. Это был поворотный момент борьбы ополчения с интервенцией. После поражения у Климентовского острожка войска Хоткевича отступили к церкви Екатерины на Большой Ордынке, где у них стоял обоз с продовольствием и оружием для осажденных в Кремле интервентов.
Особенно богат достопримечательностями в Замоскворечье небольшой, всего в 218 метров, Черниговский переулок
. В самом начале его на углу с Пятницкой поднимается изящная колокольня. Она принадлежит церкви Иоанна Предтечи, здание которой находится в глубине переулка, с правой стороны его (№ 4). Возможно, что здесь, на дороге с юго-востока к Московскому Кремлю, был небольшой монастырь, который упоминается под 1415 г. в летописном рассказе о рождении великого князя Василия III: «Егда прииде день той, в он же родитися ему, начат мати его [София Палеолог] велми изнемогати, яко и к смерти приближитися ей». Послали тогда, не надеясь на повивальных бабок, за известным старцем: «Бе же в то время некий старец свят в монастыри святаго Иоанна Предтечи под бором, за рекою Москвою, знаем же бе и великым князем, к нему же и посла…» Он ответил посланцу: иди к великому князю и скажи ему, чтобы он не скорбел о своей княгине – «здрава будет и родит тебе в вечер сий сына, наследника тебе». И летописец заключил: «Еже и бысть».Возможно, этот монастырь позднее был перенесен на Ивановскую горку (улица Забелина), а его первая церковь стала обычной приходской здесь. Ее одну из первых перестроил в камне знаменитый итальянский зодчий Алевиз по указу Василия III 1514 г.: «Заложены быша церкви каменны делати в Москве. Тое же весны благоверный и христолюбивый князь великий Василей Иванович всея Русии со многим желанием и верою повеле заложити и делати церквы каменыя и кирпичныя на Москве:.да за рекою церьковь Иванна Крестителя Усекновение честныа главы, иже зовется под Бором». Ее освятили 29 августа 1515 г.
От алевизовской постройки, однако, почти ничего не осталось, за исключением, возможно, деталей белокаменного подклета. Над ним во второй половине XVII в. (в 1658 г.?) выстроен существующий храм, а в середине следующего столетия тщанием одного из прихожан – купца Федора Замятнина – построили трапезную и колокольню (строительство последней затянулось до 1780-х гг.). Важно отметить, что колокольня Предтеченской церкви была намеренно поставлена довольно далеко от собственно церкви, ее выдвинули на линию Пятницкой улицы, отмечая таким образом важную градостроительную роль вертикали в панораме всей улицы.
Через переулок, на углу Пятницкой, невидное двухэтажное длинное здание, первый этаж которого занят магазинами, а на углу его сохранилась еще фирменная керамическая отделка молочной известной в Москве фирмы Чичкина. В середине XVIII в. здесь была обширная купеческая усадьба, самое старое здание которой, относящееся к XVII столетию, находится во дворе.