Настал черед и Михаилу ехать в Орду к Батыю. Князь попросил благословения у своего духовного отца, который наказал ему твердо стоять за веру православную. Когда Михаил и боярин Феодор прибыли в 1246 году к Батыю, волхвы повели их к месту, где были сложены горящие костры по обеим сторонам пути и где все язычники проходили через огонь и кланялись солнцу и идолам. Волхвы хотели провести Михаила и Феодора через огонь. Ипатьевская летопись сообщает нам храбрый и мужественный ответ князя: «Михаил же отвеща: «Аще бог ны есть предал и власть нашу, грех ради наших, во руце ваши, тобе кланяемся и чести приносим ти. А закону отец твоих и твоему богонечестивому повелению не кланяемься»[39]
.Бояре, бывшие с князем, стали просить Михаила поклониться огню, но тот отвечал им:
Батый рассвирепел оттого, что Михаил и Феодор отказались поклониться богам его, –
Тела страстотерпцев были брошены на съедение голодным псам, но звери чудесным образом не тронули их. После подвига Михаила и Феодора татарские ханы крайне редко решались проверять стойкость веры русских людей и их готовность умереть за православную веру и не требовали от русских в Орде исполнения обрядов прохождения сквозь огонь. Мощи святых мучеников были перенесены в Чернигов. Возле мощей случилось множество чудес, и Иван Грозный захотел привезти их в Москву. В 1572 году царь и митрополит Антоний сотворили молитвенное «послание» черниговским чудотворцам с просьбой согласиться на перенос их святых мощей в Москву. В память об этом событии был установлен праздник 14 февраля и построена придельная к храму Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором церковь Михаила Черниговского.
До 1677 года церковь имела название Сретения мощей великого князя Черниговского Михаила. Первый каменный храм был возведен в 1675 году на пожертвования купеческой вдовы Иулиании Ивановны Малютиной. Эта характерная посадская церковь конца XVII века сохранилась до наших дней. Она состояла из трапезной и небольшого четверика с кокошниками, завершенного пятиглавием. С запада осевую композицию замыкала колокольня. В 1740 году к храму с южной стороны был пристроен придел Святой Великомученицы Екатерины. Тогда же появился новый декор на фасадах притвора и трапезной, а крыша с кокошниками стала четырехскатной. В 1820–1830-х годах церковь была упразднена и считалась приписанной к храму Усекновения главы Иоан на Предтечи под Бором. Придел Святой Екатерины и верхняя часть колокольни были разобраны.
С 1924 года в здании храма Михаила и Феодора Черниговских находился молитвенный дом баптистов. В 1930-х годах храм окончательно закрыли. Вероятной датой закрытия церкви можно считать 1934 год. Об этом свидетельствует запись в каталоге древнерусского искусства Третьяковской галереи о передаче из церкви Черниговских чудотворцев иконы «Троица ветхозаветная с бытием» 1675 года, выполненной мастерами Оружейной палаты. В 1940-х годах главы четверика были разобраны. В 1970-х годах архитекторами А. В. Охом и С. С. Кравченко началась реставрация церкви, в результате которой было восстановлено пятиглавие, покрытое изумрудной глазурованной черепицей, раскрыто завершение с кокошниками, вычинена ограда с решеткой с востока от церкви вдоль переулка.