Итак, Борис Федорович Пашковский неожиданно для самого себя попал в разведку американской армии. Довольно необычный зигзаг судьбы, что и говорить, особенно если принять во внимание, что шутка с сейфом могла привести его примерно с такой же вероятностью на скамью подсудимых! Тем не менее Борис Паш оказался не в тюрьме, а в рядах MID. Неизвестно, чем именно он занимался в последующие годы, но карьера его оказалась по-настоящему успешной, потому что уже в 1942 г. Паш сделался заместителем руководителя «Манхэттенского проекта» по режиму. Шутка ли сказать, на 42-летнем эмигранте из России лежало контрразведывательное обеспечение всех мероприятий по разработке и производству ядерного оружия США! О Борисе Пашковском тех лет написали в своих мемуарах некоторые участники «Манхэттенского проекта», в частности генерал Лесли Гровс, а также всемирно известный физик-ядерщик Сэмюэл Гаудсмит, разработавший совместно с Дж. Уленбеком теорию спина электрона. Все знавшие Паша отмечали его удивительную работоспособность и потрясающее умение видеть людей насквозь. При этом ему всегда удавалось произвести нужное впечатление и расположить собеседника к себе. Сейчас это качество психологи назвали бы «лабильностью», способностью сопереживать, подстраиваться под собеседника, но при этом сохранять холодную голову и оставаться самим собой. Незаменимая для настоящего разведчика способность! Это был прирожденный манипулятор людьми, вербовщик и кадровик в одном лице. Казалось, его невозможно было одурачить.
Кроме того, Борис Паш являлся антисемитом, что было вполне понятно для человека, видевшего «красный террор» большевистских «чрезвычаек» своими глазами. Через всю жизнь Пашковский пронес ненависть к коммунистам, троцкистам, разного рода левакам, либералам, интернационалистам и сторонникам «общечеловеческих ценностей». Его, видимо, не на шутку встревожило то обстоятельство, что среди научных светил, ковавших «ядерный меч» Америки в Лос-Аламосе, оказалось множество как явных леваков, так и лиц, скрыто симпатизирующих коммунизму. В конце 1943 г. Паш представил генералу Гровсу список из 8 физиков-теоретиков, участников «Манхэттенского проекта», которых он подозревал в тайном сотрудничестве с советской разведкой. Все они были либо евреями, либо мужьями евреек, все имели в прошлом левацкие связи и были замечены в неприкрытых симпатиях коммунизму.
Список открывал Роберт Оппенгеймер, научный руководитель «Манхэттенского проекта», женатый на коммунистке, имевший молодую любовницу-коммунистку, неоднократно допускавший просоветские высказывания и всячески опекавший ученых, придерживавшихся схожих с ним взглядов. Многих из них Гровс, кстати, лично привлек к участию в «Манхэттенском проекте».
Однако Гровс на данном этапе никак не мог отстранить от работ Оппенгеймера, которому, кстати, вполне доверял. А зря! Теперь, после публикаций воспоминаний Серго Берия, можно с полной определенностью заявить, что Борис Пашковский в своих подозрениях в адрес Оппенгеймера не ошибался: еще в 1939 г. будущий главный теоретик «Манхэттенского проекта» приезжал в Москву с предложением запустить программу по созданию ядерного оружия в СССР. Почти две недели Роберт Оппенгеймер прожил тогда в особняке Лаврентия Павловича Берия в Качаловском переулке на правах личного гостя наркома НКВД.
После того как генерал Гровс не принял предложений Паш-ковского по отстранению от сверхсекретных работ потенциальных агентов советской разведки, Борис Федорович расценил это как недоверие к нему лично. Он попросил о переводе на другую работу и работу такую получил. Поскольку он хорошо разбирался в ядерной физике, которой очень интересовался во время участия в «Манхэттенском проекте», ему поручили организацию и проведение уникальной операции «Алсос», нацеленной на сбор технической информации, техники и специалистов, имеющих отношение к ядерной программе Третьего Рейха, и перенаправление их в США для использования в рамках «Манхэттенского проекта» (строго говоря, операция «Алсос» распадалась на два мало связанных между собою этапа, один из которых реализовывался в Италии, а другой — во Франции и Германии, но для нас эти детали сейчас не представляют интереса).