Противочумный институт в Иркутске был основан в 1934 году А. М Скородумовым (род. в 1988 году), память о котором сотрудники института бережно хранят до сих пор. Судьба его, как и многих других сотрудников противочумной системы, сложилась трагично. В 1937 году он был арестован и погиб в застенках НКВД.
С 1939 года до смерти заместителем директора в институте работал Н. А. Гайский (1984–1947), успешно завершивший в нем, начатые еще до войны совместно с Б. Я. Эльбертом, опыты по получению живой туляремийной вакцины, которая помогла свести к минимуму заболеваемость туляремией людей в нашей стране. Н. А. Гайский похоронен во дворе института. Подобно А. М. Скородумову, Н. А. Гайский как заведующий противочумной лабораторией в селе Фурманово Уральской области был репрессирован. В 1930 году его признали виновным в преступлениях, предусмотренных тс. 58–11 УК РСФСФ, и приговорили к 5 годам лагерей. "Мотая" срок, Н. А. Гайский работал в качестве бактериолога в какой-то военной лаборатории.
Иркутский институт обслуживал огромную территорию, от Алтая до Сахалина, вполне оправдывая свое название "института Сибири и Дальнего Востока". Подобно другим противочумным институтам Советского Союза, он располагал сетью противочумных станций и отделений при станциях, расположенных в самых "горячих" точках. Наиболее значимыми из них были противочумные учреждения в Забайкалье, где вспышки чумы, известные со второй половины прошлого века, продолжались до 1930 года. Кстати, именно там, во время крупнейшей эпидемии легочной чумы в 1910–1911 годах, академик Д. К. Заболотный доказал роль тарбагана как одного из основных хранителя возбудителя чумы в природе, и хотя ко времени моего приезда в Иркутске тарбагана почти полностью истребили, а культуры чумного микроба не выделялись уже около десяти лет, этому очагу по-прежнему уделялось большое внимание. Небезынтересно, что основным методом борьбы с тарбаганом долгое время служила "затравка" его нор (бутанов) хлорпикрином.
С Забайкальем неразрывно связана деятельность замечательного человека И.С. Дудченко — основателя Читинской бактериологической лаборатории, официальное открытие которой состоялось 17 сентября 1913 года. Положением о лаборатории, утвержденным министром внутренних дел Максаковым, предусматривалось, что эта лаборатория имеет своей задачей разработку научных вопросов по чуме, холере и другим эпидемическим болезням и в то же время является центральным учреждением для производства бактериологических исследований Приморского края и Иркутского генерал-губернаторства. Жизнь И.С.Дудченко трагически оборвалась в ночь с 5 на 6 июня 1917 года. Во время подготовки к поездке в чумной очаг он и его 7 помощников были зверски убиты в здании баклаборатории (он из пистолета, а остальные задушены веревкой и все сброшены в подвал, затопленный водой).
На Дальнем Востоке природных очагов чумы нет, но в 1921 году чума была занесена в тогдашнюю Приморскую область и во Владивосток, как полагают, по Китайско — Восточной железной дороге из Забайкалья, вызвав гибель большого числа людей. Возможность новых заносов чумы не исключалась и в последующем, что вызывало необходимость сохранения там противочумных учреждений, выполнявших наблюдательные функции. Существование же подобных учреждений в Туве и на Горном Алтае обусловливалось наличием потенциальных природных очагов, а также возможностью заносов чумы грызунами из активных очагов Монголии.
Помимо чумы, Иркутский институт занимался туляремией, природные очаги которой разбросаны по всей Сибири, и бруцеллезом, представлявшим серьезную угрозу населению даже на Дальнем Востоке.
В середине 50-х годов Иркутский противочумный институт оказался в кризисной ситуации, поскольку прямой угрозы чумы на обслуживаемых им территориях в то время не было, а туляремией и бруцеллезом занимались также санэпидстанции. Поэтому в Москве стали вынашивать планы перепрофилирования института. Однако дело кончилось тем, что на противочумную систему вообще и на Иркутский институт в частности возложили методическое руководство недавно созданными отделами особо опасных инфекций при республиканских, краевых и областных санэпидстанциях. Кроме того, Иркутский институт сделали головным по лепре (в Иркутске был лепрозорий; лепра была и в Якутии), но эту функцию он выполнял относительно недолго; она отпала незаметно сама собой.
Иркутский институт был традиционно силен в области изучения природно очаговых заболеваний и располагал большим штатом прекрасных паразитологов и зоологов во главе с такими яркими личностями, как И. Ф. Жовтый и потомственный сибиряк Н. В. Некипелов. Что же касается различных аспектов современной микробиологии, то в этом отношении институт был намного слабее других противочумных институтов.