В храме св. Софии патриарх Полиевкт совершил помазание Никифора на царство и венчал его царской короной. Новый император пожаловал щедрые награды наиболее близким лицам. Отца своего он возвел в сан кесаря, брата Льва Фоку наградил саном куропалата и магистра, Иоанн Цимисхий был назначен доместиком восточных схол со званием магистра, евнух Василий, столь успешно ведший интригу против Иосифа Вринги, получил звание проедра, или председателя сената. В то же время Никифор снисходительно отнесся к своим врагам и, вопреки господствовавшему в то время обычаю, не запятнал казнями и жестокими наказаниями свое торжественное вступление на престол, ограничившись ссылкой могущественного паракимомена Иосифа Вринги в отдаленную Пафлагонию, где он и умер в безвестности через 10 лет. Трудней выяснить его отношение к царице Феофано, вдове Романа II. Нельзя сомневаться, что переворот в пользу Никифора совершился не без ведома и согласия императрицы, но положительных известий об этом не сохранилось в летописи. Напротив, у позднейших, правда, писателей, как Зонар и Глик, выдвигается та мысль, что первым делом нового царя было распоряжение удалить царицу Феофано из дворца: ей указано-было поселиться в замке Петрий, в нынешнем Фанаре, где она и содержалась в течение целого месяца. Все заставляет, однако, думать, что это была временная мера, вызванная желанием уступить общественному мнению, которое подозревало уже о заранее условленном соглашении между Никифором и царицей. Состоявшееся через месяц, именно 20 сентября 963 г., бракосочетание между царицей-вдовой и новым царем в знаменитой Новой церкви, построенной и богато украшенной основателем Македонской династии, показало, что предосторожности не были излишни. Патриарх Полиевкт, совершив бракосочетание, запретил императору на один год входить в алтарь под угрозой лишить его причащения. Это было весьма прискорбным и неожиданным для Никифора обстоятельством, тем более для него оскорбительным, что практически Церковь не относилась так строго ко второму браку, как это хотел показать патриарх. Пущен был, кроме того, слух, что этот брак и потому не может быть допущен Церковью, что Никифор был восприемником детей Романа и Феофано и находился, следовательно, в духовном родстве с царицей. Против этого нарекания, которое давало в руки патриарха весьма сильное оружие и даже налагало на него обязательство расторгнуть брак, Никифор защищался самым решительным образом. Он обратился к решению духовного суда, составленного им самим из нескольких епископов, бывших тогда в Константинополе, и из присоединенных к ним членов сената, и поручил ему разрешение дела о канонических правилах, препятствующих законности заключенного им брака. Суд нашел возможным вполне удовлетворить царя: с одной стороны, было им выяснено, что закон, воспрещающий браки между лицами, состоящими в духовном родстве, принадлежит еретику Константину Копрониму и, следовательно, может считаться необязательным для Никифора, с другой стороны — придворный священник Стилиан под клятвой заявил, что Никифор не крестил детей Романа и Феофано; эту клятву подтвердил и отец императора, кесарь Варда Фока. Рассказанные обстоятельства, хотя и не имевшие важных последствий благодаря принятым Никифором решительным мерам, все же не могли не оставить в нем неприятных воспоминаний и, может быть, имели свою долю влияния в дальнейшей его церковной политике.
Зима 963/64 г. прошла в празднествах при дворе и в развлечениях, предоставленных народу в цирке. Но сам Никифор не оставлял без внимания государственные дела и готовился к новым предприятиям на Востоке, где, правда, стоял во главе византийских фем родственник Никифора и его будущий убийца Иоанн Цимисхий, но где важность событий требовала личного присутствия столь популярного на Востоке вождя, как Никифор Фока.