Все последующие заседания Собора происходили в патриаршей крестовой палате, и на них присутствовало только духовенство, но время этих заседаний, к сожалению, с точностию не обозначено в деяниях Собора. С третьего заседания начался суд над лицами, которые подозревались в противлении Церкви и принадлежности к расколу. И первым приглашен был и предстал пред лицо Собора епископ Вятский Александр, который потому-то как подозреваемый и не участвовал в двух предшествовавших заседаниях. Его вопросили: признает ли своим писание, в котором похулил исправление святого Символа, новопечатные книги и иные чины церковные? Александр не отрекся от своего писания, но только молил удостоверить его, что новоисправленные книги и Символ чужды погрешностей. При этом, вероятно, он и представил на разрешение Собора свои вопросы, написанные еще прежде, о которых мы упоминали. Бывшие на Соборе пастыри и учители разрешили все недоумения Александра и «изъяснили ему истину многими книгами, древними, харатейными, и твердыми доказательствами», на что, без сомнения, потребовалось немало времени. И он, просвещенный благодатию Божиею, тотчас же написал покаянный свиток и вручил Собору. В свитке этом епископ Александр сначала по примеру других архиереев высказал свое исповедание, что признает всех Восточных патриархов православными, книги их греческие, печатные и рукописные, приемлет без всякого сомнения и Московский Собор 1654 г. во всем приемлет и лобызает, а затем продолжал: «Приемлю также и лобызаю и новоисправленные книги, особенно же Символ веры, который ради удостоверения я подписал своею рукою и подаю ныне свящ. Собору; равно без всякого сомнения приемлю и о сложении перстов и прочие исправления. А что прежде сего я как человек смущался о вышеписанном, наиболее о прилагательном имени
В четвертом заседании, на котором вместе с другими русскими святителями присутствовал и Вятский епископ Александр, предстал пред лицо Собора протопоп Аввакум. Он еще прежде, недель за десять, привезен был из Мезени в Москву и после напрасных увещаний, сделанных ему Крутицким митрополитом Павлом, отослан в Пафнутиев монастырь под начало. Сюда также несколько раз присылали архиереи убеждать его, но безуспешно, и Аввакум даже написал в ответ им, как сам сознается, «с большою бранью» свою сказку. На Соборе его допрашивали о тех хулах, которые написал он на исправленный Символ веры, на троеперстие в крестном знамении, на новоисправленные книги и исправителей, и о клеветах его на московских священников, будто они не веруют во Христа вочеловечившегося, не исповедуют Его Воскресения, не исповедуют Духа Святого истинным, и пр. и пр. Аввакум вступил в состязание с отцами Собора, упорно отстаивал свои мысли, оставался глух ко всем доказательствам и убеждениям и дерзко «укори в лице весь освященный Собор, вся неправославными нарицая». Ввиду такой нераскаянности и ожесточения Собор определил лишить Аввакума священства и предать анафеме. Определение Собора исполнено 13 мая в соборной церкви Мшения Пресвятой Богородицы. Но Аввакум и при этом остался себе верен. «Власти стригли меня, – говорит он, – потом и проклинали, а я их проклинал сопротив; зело было мятежно в обедню ту тут». Далее рассказывает еще, будто за него сильно заступилась царица Марья Ильинишна пред своим супругом: «Как стригли (меня), в то время велико нестроение вверху у них бысть с царицею покойницею; она за нас стояла тогда, миленькая, напоследок и от казни отпросила меня». Лишенный сана и отлученный от Церкви, Аввакум сослан был в Угрешский монастырь и заключен здесь в темницу, в которой и содержался под стражею до сентября, а в сентябре перемещен опять в боровский Пафнутиев монастырь, где содержался прежде.