Прошло до двадцати дней со времени первого заседания Собора. Патриархи Паисий и Макарий имели возможность достаточно изучить дело, о котором судить были призваны. И вот 28 ноября последовало третье
заседание Собора в столовой избе у государя, во многом похожее на первое и также описанное в современной записи. Прибыли в заседание, с одной стороны, патриархи, митрополиты, архиепископы, епископы, архимандриты, игумены, а с другой – сам царь, бояре, окольничие и думные люди. Государь опять заговорил о бывшем Московском патриархе Никоне, «и о самовольном его отшествии с патриаршего престола без повеления его царского величества и всего освященного Собора, и что соборная и апостольская Церковь стоит без пастыря девятый год», и потом просил патриархов, чтобы они «учинили о том по правилам св. апостол, и по преданию св. отцов седми Вселенских Соборов, и по своему рассмотрению». Патриархи после совещания с прочими членами Собора отвечали государю, что по правилам святых Соборов надобно позвать Никона патриарха на Собор и допросить, почему он оставил свою кафедру и самовольно отошел в Воскресенскую обитель, равно и о других его винах. И указали вместе со всем Собором послать к Никону Псковского архиепископа Арсения и с ним двух архимандритов – ярославского Спасского монастыря Сергия и суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Павла. Тотчас же, как свидетельствует Паисий, составлена была на Соборе в присутствии самого государя грамота, которую должны были передать Никону посланные к нему и которая гласила: «Блаженнейшие патриархи кир Паисий, папа и патриарх великого града Александрии и судия вселенной, и кир Макарий, патриарх Божия града Антиохии и всего Востока, и весь святейший Собор архиереев приглашают тебя прибыть в царствующий град Москву без всякого замедления и лично предстать пред нами по некоторым духовным делам. Не будь непокорен приглашению и явись со смирением – так внушаем тебе поступить непременно». Этим и окончилось третье и последнее предварительное заседание Собора.На следующий день, 29 ноября, в шестом часу дня, архиепископ Арсений и два архимандрита прибыли к патриарху Никону и, с его дозволения представившись ему, прочли пред ним соборную грамоту. Выслушав ее, Никон отвечал: «Я имею поставление святительское и престол патриаршеский не от Александрийского и не от Антиохийского, но от Константинопольского патриарха (это неверно: Никон поставлен сперва в митрополита, потом в патриарха от своих русских святителей, а не от Константинопольского патриарха, и престол патриаршеский в России утвержден всеми четырьмя Восточными патриархами, а не одним Константинопольским); патриархи же Александрийский и Антиохийский и не живут сами в Александрии и Антиохии, а один живет в Египте, другой в Дамаске. Если они по согласию с Константинопольским и Иерусалимским патриархами пришли в Москву для духовных вещей, то и я, как соберусь, приду в царствующий град для духовных всяких вещей известия ради». Но когда соберется и придет, нс сказал. Посланные к нему объявили, что им не велено возвращаться в Москву без него, патриарха Никона, но он только повторил: «Как соберусь, приду». О всем этом архиепископ и архимандриты поспешили отправить донесение к царю и Собору. Между тем в седьмом часу ночи того же числа они получили от правившего патриаршеством митрополита Павла Сарского грамоту, в которой было написано, чтобы, когда Никон поедет в Москву, возы его в дороге отнюдь не развязывались, из людей его никто наперед в Москву не был отпущен и сам он приехал в Москву не раньше как в третьем часу ночи или позднее.