Выслушав все эти объяснения Никона, царя и бояр, патриархи предложили новый вопрос, обращаясь к митрополитам, архиепископам и епископам: «Какие обиды были Никону патриарху от великого государя?» И митрополиты, архиепископы и епископы отвечали, что от великого государя бывшему патриарху Никону никаких обид не бывало. И только рассказали митрополиты Питирим Новгородский и Павел Сарский, как окольничий Хитрово бил домового человека Никонова и Никон просил государя дать оборону, а государь обороны не дал, и как потом государь в два праздника не приходил в церковь на службу Никона. Патриархи предложили тот же вопрос самому Никону, и Никон сказал, что никаких обид ему от великого государя не бывало, а как-де государь начал гневаться и к церкви ходить перестал, он потому и оставил патриаршество. И присовокупил: «Я об обиде не говорю, а говорю о государево гневе. И прежние патриархи от гнева царева бегали, каковы Афанасий Александрийский и Григорий Богослов». Патриархи: «Иные патриархи оставляли на время престол, да не так, как ты; ты отрекся, чтоб и впредь не быть тебе патриархом, а если будешь патриархом, анафема будешь». Никон: «Я так не говорил, а говорил, что за недостоинство свое иду, а если бы я отрекся патриаршества с клятвою, то не взял бы с собою и святительской одежды». (Здесь нельзя не заметить, что сам же Никон не раз объяснял прежде, что он отрекся только патриаршества в Москве, не хочет быть Московским патриархом, но не отрекался от сана патриаршеского, не перестает быть патриархом, а теперь, когда его спрашивали, зачем он отрекся патриаршества, разумеется, Московского, он отвечает, что сана патриаршеского он не отрекался, не перестал быть патриархом, иначе не взял бы с собою святительской одежды.)
Вопрос об отречении Никона от кафедры еще не был исчерпан, и патриархи еще не сказали по этому вопросу своего последнего слова, как государь, естественно находившийся в возбужденном состоянии, обратил внимание патриархов на другой предмет, при обсуждении которого, впрочем, пришлось заняться вновь и этим вопросом. Государь указал на письма Никона к четырем Восточным патриархам, лежавшие тут же на столе под тафтою, и сказал патриархам Паисию и Макарию: «Бывший патриарх Никон писал к вам, патриархам, в грамотах своих многие на меня бесчестья и укоризны, а я на него к патриархам никакого бесчестья и укоризны не писывал. Допросите его, все ли он истину без всякого прилога в грамотах своих писал, и за церковные ли догматы он стоял, и Иосифа патриарха святейшим и братом себе считает ли, и церковные, движимые и недвижимые, вещи продавал ли?..» Патриархи предложили Никону эти вопросы, и он отвечал, «что в грамотах писано, то и писано, а стоял-де он за церковные догматы и Иосифа патриарха почитает за патриарха, а свят ли он, того не ведает; церковные же вещи продавал по государеву указу». Такой общий ответ никого не мог удовлетворить, и государь приказал читать на Соборе по статьям грамоту Никона к Цареградскому патриарху Дионисию в переводе, чтобы рассмотреть порознь все изложенные в ней неправды Никона.
В грамоте Никон писал, что, будучи еще митрополитом, он послан был в Соловецкий монастырь «мощей ради св. священномученика Филиппа, митрополита Московского, егоже мучи царь Иван неправедно».
В грамоте Никон писал, что, когда его умоляли в соборной церкви принять патриаршество, он говорил царю, и властям, и боярам, чтобы они дали ему слово свято содержать догматы и правила святых апостол и отец и законы греческих благочестивых царей, и в том ему обещались.
В грамоте было написано про государя, что он сначала был благоговеен и милостив, а потом начал гордиться и выситься и в архиерейские дела вступаться. Государь патриархам: «Допросите про то Никона, и в какие архиерейские делая начал вступаться». Никон на вопрос патриархов: «Что писал, того не помню».