В половине мая 1654 г. Алексей Михайлович уехал из Москвы на войну с поляками – в отсутствие государя могущество Никона сделалось еще заметнее. К концу того же месяца прибыли в Москву послы от Киева ходатайствовать об утверждении прежних прав этого города и о даровании ему новых льгот. Просьбы послов, изложенные по статьям, равно и представленные послами документы – грамоты польских королей, рассматривали и обсуждали бояре и постановляли по ним решения, а утверждал эти решения за отсутствием государя патриарх Никон. Под некоторыми из статей помечено: «Великий государь святейший патриарх указал быть по боярскому приговору»; под другими: «Святейший патриарх указал и бояре приговорили быть по королевскому привилею»; под третьими: «Великий государь святейший патриарх указал о льготе на 10 лет» и подобное. На войне царю Алексею Михайловичу понадобились для войска подводы – и Никон рассылал по всему государству к воеводам городов свои грамоты, в которых, как, например, в грамоте к вологодскому воеводе (от 9 июля 1654 г.), писал: «Указал государь царь и великий князь Алексей Михайлович всея Русии и
В начале февраля 1655 г. Алексей Михайлович возвратился было в Москву, где уже не было морового поветрия, но спустя месяц снова отправился на войну в Литву и находился там до 10 декабря. В 15-й день мая 1656 г. царь в третий раз выехал из Москвы в поход, и уже не против польского, а против шведского короля, и воротился в нее только 17 генваря 1657 г. Во все это время Никон оставался в столице главным действующим лицом. Он рассылал воеводам и другим властям грамоты, в которых именем царя и вместе своим указывал высылать из монастырских вотчин то лошадей, то хлебные запасы для царского войска. Иногда (16 августа 1656 г.) слал воеводам свои указы от имени царевича Алексея, а иногда (18 октября) и от своего собственного имени.