Однако так же быстро сказались и трудности войны на Востоке, не предусмотренные в петербургских кабинетах. В тех же письмах, в которых Валериан Зубов сообщал брату-фаворитуо победах и планах дальнейшего наступления, он просил о подкреплениях и сетовал на отсутствие фуража и тягловых волов, сообщал о не подвезенном вовремя провианте и «дождях денно и нощно», превращающих дороги в топь. Молодой генерал, как и его предшественники 70 лет назад, обнаружил, что горцы «к корысти только привязаны и ни малейшего доверия не достойны», но не мог отказать им «в знатной степени дерзости и храбрости»; их «разбойничьи партии» нападали на русские отряды; воевать по правилам не желали, «а хотя бы и открылись где, то их выжить трудно».
Чем могла бы закончиться широко задуманная экспедиция, сказать трудно; его история еще нуждается в исследовании. Прямых экономических целей поход Зубова как будто не ставил, однако надо сказать, что и в конце XVIII — начале XIX века победы российского оружия порождали мечты о легких путях к несметным богатствам Востока. В.А. Зубов перед походом на Персию ознакомился с сочинением греческого священника Хрисанфа, чье описание Средней Азии, Афганистана и Кашмира изобиловало фантастическими суждениями: «Бухария уподобляется саду удивительной красоты… превосходит самую Индию в богатстве и изобилии во всех жизненных припасах»; при продвижении вглубь Средней Азии россиянам «встречаться будут народы, владеющие, поистине можно сказать, землею обетованною, недра коей преисполнены злата, сребра и других драгоценностей…»
Даже после столкновения с кавказской действительностью тот же Зубов, уже в 1801 году, подал императору Александру записку, посвященную торговле с Азией. Под влиянием мыслей Екатерины II о том, что «направить торговлю Китая и Ост-Индии через Туркестан это значило бы возвысить эту (Российскую. —
Но после смерти Екатерины Великой ее сын и наследник Павел приказал немедленно вернуть войска. Новый император полагал, что пока «время и обстоятельства» не позволяют России прочно утвердиться в Закавказье и «подробно» обустроить «тамошний край», нужно «составить» из благоволящих к России тамошних владетелей «федеративное государство», номинально зависимое от Петербурга и способное бороться с врагами без российской поддержки.
В 1798 году скончался Ираклий II, а против его наследника Георгия XII выступили братья; в начавшейся междоусобной войне обиженные царевичи призвали на помощь отряды горцев и войска аварского хана. Царь обратился в Петербург с просьбой о присоединении к России Картли и Кахетии, наместниками в которых стали бы его потомки. Не дождавшись решения, Георгий XII умер, а изданный в январе 1801 года манифест Павла I провозгласил, что Россия согласилась на присоединение Грузии по просьбе грузинского народа для защиты страны от «несчастливых войн» и по причине «несогласия в доме царском».
После смерти Павла I вопрос о Грузии дважды обсуждался Непременным советом нового императора Александра I. Выбор был трудным: попытаться создать в Закавказье федеративное государство из грузинских княжеств, как это предполагал Павел I, либо наследственное наместничество в составе России, как просил Георгий XII, — или упразднить царскую власть в Грузии и превратить страну в российскую губернию. Грузия в качестве полусамостоятельного государства с враждующими членами династии и воюющими между собой большими и малыми владетелями едва ли могла быть надежным тылом. Решив, что страна «не может ни противостоять властолюбивым притязаниям Персии, ни отразить набеги горских народов»», император в манифесте от 12 сентября подтвердил решение о включении Восточной Грузии в состав Российской империи. Династия Багратионов лишилась прав на грузинский престол, а Картли и Кахетия стали Грузинской губернией.