Чтобы обеспечить безопасность своего похода против Египта, Дарий уладил дела в Иудее. Не все изгнанные евреи воспользовались дарованным в 538 г. Киром разрешением вернуться в Палестину. Среди оставшихся в Вавилоне был пророк Ездра, и именно на основании его книги мы можем сделать вывод о неудовлетворительном ходе восстановления еврейского государства. Фундамент второго храма заложили, и, по-видимому, деньги и материалы, нужные для его завершения, в наличии имелись. Однако работы совсем остановились, и хотя нам неизвестны источники, сообщающие точную причину, вероятно, неприятие нового государства евреев аммонитянами Трансиордании, арабами и эдомитами с юга имело для персидского двора большое значение. Или в конце правления Кира, или в начале царствования Камбиса вступление в должность правителя Иудеи еврея Зеруббабеля, внука последнего иудейского царя Иоакима, хотя и носившего провавилонское имя, означающее «семя Вавилона», принесло новый подъем национализма и надежду на восстановление царства Давида. У Палестины не было веских причин жаловаться на персидское владычество, и она не связывала свою судьбу с мятежом Вавилона, поскольку новый национализм иудеев имел в первую очередь религиозную мотивацию. Выражения, в которых говорит пророк Аггей, напоминают нам, что Иерусалимский храм задумывался как реальное жилище Яхве: «А вам самим время – жить в домах ваших украшенных, тогда как Дом сей в запустении?» Естественно, самаритяне, жившие вокруг персидского административного центра в Самарии, не были согласны с подобной точкой зрения, и это могло послужить другой причиной, задерживавшей реализацию указа Кира. При Зеруббабеле и верховном жреце Иосии, однако, самаритяне предложили помощь. Именно суровый монотеист Аггей выступил против этого осквернения. Таттенай, правитель «заречной» области, отвечавший теперь перед Гистаном в Вавилоне, предупредил Дария о том, как группы зилотов подстрекали Зеруббабеля к независимому царствованию. Внезапно Таттенай появился в Иерусалиме, требуя ответить, кто разрешил восстановление храма. Он пришел в ужас, когда евреи рассказали не только о разрешении, данном Киром в специальном указе, но и о закладке фундамента храма Шешбаззаром, назначенным Киром правителем Иудеи. Не поверив им, Таттенай направил в канцелярию суровый отчет, по которому начались поиски в архивах. В экбатанской библиотеке обнаружился документ, составленный Киром, и Дарий, чья власть в империи все еще оставалась непрочной, не решился его проигнорировать.
Хотя установленная Камбисом власть казалась достаточно крепкой, Египет взбунтовался, согласно бехистунской надписи, в то время как Дарий воевал с претендентом на вавилонский трон Навуходоносором III. Кажется сомнительным, чтобы в тексте надписи подразумевался вполне подготовленный мятеж. Экспедиция Дария в Египет в первую очередь, по-видимому, была демонстрацией силы, но, помимо прочего, она принудила к повиновению греческих колонистов в Кирене, чья территория стала новой сатрапией Ливией. Кажется, что с самого начала Дарий нашел готового пособника в Уджагорресенте, бывшем союзнике Камбиса. Этого человека, ставшего одним из ключевых чиновников Дария в Сузах, отправили обратно в Египет для распространения проперсидской пропаганды и восстановления медицинской школы в Саисе, где была воздвигнута его стела (см. главу 3). Дату вступления Дария в Мемфис можно вычислить достоверно, поскольку оно происходило во время траура по умершему быку Апису. Дарий ухватился за шанс внушить египетскому народу любовь к себе, предложив награду тому, кто обнаружит новорожденного теленка – якобы новое воплощение Аписа, и 31 августа 518 г. сам посвятил эпитафию почившему быку. Его деятельность в этой стране в очень значительной степени касалась религии. Кроме восстановления в Саисе жреческой школы под руководством Уджагорресента, в чьих надписях Дарий признавался сыном богини Нейт, иероглифические источники связывают его со строительством храмов Амона-Ра в оазисе Харгеха и других храмов в Эдфу, Бусирисе и Элькабе.
В Египте документированы два других действия Дария: прокладка «Суэцкого канала» и кодификация Египетского права, которая являлась частью более крупной работы по созданию в империи непротиворечивой правовой системы.