Этот план привел Франца Фердинанда в ужас. Когда группа правительственных и военных чиновников впервые представила эту идею, эрцгерцог неустанно говорил о том, что захват провинций приведет скорее всего к военному конфликту. По крайней мере в конфликт вступит Сербия, что грозило втянуть и ее союзника, царскую Россию. Когда окружающие не захотели его слушать, он неожиданно произнес: «Все это можно рассматривать с разных точек зрения. Послушаем, что скажет моя жена». Через несколько минут он вернулся вместе с Софией и попросил ее высказать свое мнение о предлагаемой аннексии. Обычно эрцгерцог четко отделял политику и личную жизнь, стараясь, чтобы у их врагов не было на руках аргументов, которые они могли бы направить против Софии, обвинив ее в амбициозности. Но в этот раз Франц Фердинанд был настолько против аннексии, что решил рискнуть. София попробовала применить другой подход к собравшимся мужчинам. Она сказала, что как жена и мать может смотреть на идею военного конфликта только с ужасом. Многие мужчины будут убиты, и ради чего? Неужели эти провинции действительно так важны для Австрии? Некоторые присутствовавшие заколебались, им явно стало неуютно после доводов жены эрцгерцога. Видя все это и, возможно, стараясь избежать ущерба для репутации своего господина, полковник Брош резко перебил ее, сказав: «Дамы не должны вмешиваться в военные дела». София выбежала из комнаты. Франц Фердинанд пришел в ярость и приказал Брошу немедленно вернуться в Вену. Думая, что его карьера закончилась, Брош написал заявление об отставке, но Франц Фердинанд быстро простил его, и этот случай больше не вспоминался.
Прошло еще несколько недель и дополнительных совещаний, и эрцгерцог неохотно дал согласие на аннексию. «Я хотел бы быть уверенным, что Ваше сиятельство, — писал он министру иностранных дел Алоизу фон Эренталю, — полностью понимает свою позицию в этом вопросе. Если присоединение считается абсолютно необходимым, то я могу только согласиться с тем, чтобы эти две провинции были объявлены землями империи… В целом же я полностью против такого проявления силы, с точки зрения наших обстоятельств».
В сентябре 1908 г. на богатой небольшой вилле в Моравии Эренталь встретился со своим российским коллегой Александром Извольским. Они пришли к тому, что Австро-Венгрия может присоединить Боснию и Герцеговину к своей территории в обмен на признание российских интересов на Босфоре. Извольский даже пообещал, что Россия не будет оказывать военной поддержки Сербии после того, как будут аннексированы эти провинции. Но в Австрии заговорили пушки еще во время этих переговоров, донося до Извольского прямой ответ австрийского правительства. Вена продемонстрировала свершившийся факт нарушения Берлинского договора, но Австрия оправдывала свои действия необходимостью предотвращения сербской агрессии против разваливающейся Османской империи. Германия была в ярости, Сербия выразила свой категорический протест, а Россия угрожала началом мобилизации против империи Габсбургов. Войны удалось избежать только потому, что Вена шантажировала Санкт-Петербург обнародованием результатов секретных переговоров с Извольским. Сербия и Россия отступили, но обе страны были унижены и жаждали мести по отношению к Австрии.
Аннексия только ускорила давно зреющие противоречия между Австро-Венгрией и Сербией. Белград, провоцируемый царской Россией, становился все более националистически настроенным. Российские деньги способствовали развитию славянских тайных обществ, которые видели в применении насилия средство выхода из-под австрийского влияния на Балканах.
Часть этих денег пошла на счет организации