Аерий, поднявший в IV в. в Малой Азии агитацию против епископата, постов, молитв об умерших и церемонии заклания агнца на пасху, составляет исключение среди еретиков; господствующей была тенденция догматическо-диалектическая. В V в. Феодор из Мопсуестии, плодовитый писатель, учил в соответствии с разумом, что большинство пророчеств ветхого завета, применяемых ортодоксами к Иисусу, относится к событиям дохристианской истории. Само собой разумеется, это было принято, как ересь. Но главными новыми ересями этого периода были ереси несториан и монофизитов.
Несторий, епископ константинопольский, ученик Федора, но ревностный гонитель ересей, вмешался в перешедший во вторую стадию бесконечный спор о природе Христа. Во второй половике IV в. Аполлинарий, епископ Лаодикейский, сильный противник арианства, утверждая, что догма о богочеловеке — чудовищна, учил, что у Иисуса не было человеческой души (или ума, в отличие от чисто животной души), что он обладал только божественной душой.
Но это означало «отрицание двойственной природы» Иисуса, и Аполлинарий был осужден; сирийские ортодоксы исправили дело, настаивая на том, что были две души; египетские богословы, опасаясь риска возникновения теории о двух Христах, настаивали, что эти две души были, тем не менее, одной.
Несторий соглашался со своими товарищами-сирийцами и старался сокрушить Аполлинария, как он ранее помог затравить ариан, новатиан и прочих неправоверующих. Но аполлинаристы укрылись за твердыней своего учения о Марии, которую они назвали Theotoxos Deipara, богородицей, и когда несториане стали хулить обычное употребление этого термина, они навлекли на себя ярость толпы, которая, привыкши в прошлом с особой набожностью поклоняться богиням-матерям, возмутилась попыткой поставить Марию ниже Изиды и Кибелы и, естественно, старалась возвысить Марию, как возвысили Иисуса.
Был созван всеобщий собор в Ефесе (431), чтобы обвинить Нестория; и вот этот гонитель еретиков был уличен в кощунстве, приравнен к Иуде и осужден на пожизненное изгнание. С тех пор ортодоксальное христианство стало для практических целей культом богини и двух высших богов, а несторианское христианство, процветавшее в Азии, где его сторонники были хорошо известны под старой маркой «назарян», стало враждебной церкви религией.
Таким образом, и на Востоке, как и на Западе, церковь распалась на новые религиозные партии как раз в тот момент, когда она больше всего нуждалась в единстве. Персия в то самое время начала присоединение половины Армении, а вандалы начали завоевание северной Африки. Несториане были загнаны в Персию; объявив себя друзьями врагов Византийской империи, они там пользовались покровительством, тогда как ортодоксальные христиане подвергались гонениям, казням и изгнанию.
Мыслящему язычнику, наблюдавшему этот ход вещей, должно было казаться, что бог послал безумие на христиан. Среди главных врагов Нестория был некий Евтихий, аббат константинопольского монастыря. В «8 г., желая положить конец несторианизму, он прямо провозгласил, что Христос имел только одну природу, божественную. Это учение было немедленно осуждено, как возврат к ереси Аполлинария, и Евтихий был подвергнут отлучению враждебным ему собором.
Другой собор, ловко подтасованный, оправдал его и присудил его обвинителя к бичеванию и ссылке; но третий собор, Халкедонский (451), опять осудил его. Таким-то произволом и недомыслием устанавливалась христианская догма. Никейский собор (321) постановил против Ария, что Христос истинно был богом, со-равным и со-вечным своему отцу, раздельно существующим и вместе с тем единым (с отцом); Константинопольский собор (381) против Аполлинария постановил, что он был также истинно человеком; Ефесский собор (431) утвердил, что обе природы Христа — человеческая и божественная — одно нераздельное целое, а Халкедонский собор (451), — что они, тем не менее, отличны одна от другой.
Все эти четыре догмата стали прочными составными элементами христианского символа веры; вот до чего люди развили миф; а ему предстояло претерпеть еще дальнейшее развитие.
Осужденные евтихиане, изменившие свою позицию, но продолжавшие еще называть себя монофизитами, в свою очередь стали силой, роковым образом раскалывавшей христианство. Император Зенон в 482 г. примирился с ними, издав эдикт, который был назван Henotikon (объединяющий); но ортодоксы после этого стали еще больше противиться им, хотя монофизиты все время заявляли, что рассматривают «единую природу», как единение двух, «но без обращения, слияния или смешения». Из-за такой-то малопонятной разницы в формулировке секта в конце концов отделилась даже, как национальность.
В конце VI в. они под руководством нового главы — Якова Барадея стали известны, как яковиты, и когда в следующем столетии возникшее движение магометанских арабов захлестнуло Египет, где было много яковитов, ненависть этих последних к католикам была так сильна, что они приветствовали антихристианского неприятеля так же, как они, да и другие, ранее приветствовали персов в Сирии.