Японские власти в Нагасаки встретили эскадру Путятина новыми хитростями и уловками. Но вот 31 декабря 1853 года долгожданные переговоры начались. Японские сановники произносят пространные и ни к чему не обязывающие речи. Происходит обмен подарками. Возникают новые осложнения и споры с японской стороной по второстепенным процедурным вопросам, отвлекающие от главной цели. Японцы намекают — пусть русская сторона не стремится ускорять ход неизбежных событий и даст время на размышления. Ведь нынешнему порядку Япония следует уже более двухсот лет. Легко ли сразу отступиться от него?
Пока договаривающиеся стороны топчутся на месте, адмирал два раза посылает "Восток" в Шанхай за известиями из Европы. Во время второго рейса шхуна столкнулась в устье Янцзы с английским разведывательным кораблем и вынуждена была отрываться от погони.
Доставив шанхайскую почту Путятину, шхуна вышла по его предписанию в Императорскую гавань для соединения с другими кораблями эскадры и 22 апреля была в Константиновской бухте. Там уже стояли на якоре "Ментиков" и корвет "Оливуца". От поселенцев Воин Андреевич услышал мрачный рассказ о минувшей зимовке. Команда военного поста, а также экипажи "Николая" и "Иртыша" перенесли голод и цингу. Десятки человек умерли. Командир транспорта "Иртыш" Гаврилов был при смерти, и только прибытие корвета с врачом и медикаментами спасло его. Были признаки цинги и у Бошняка, хотя он легче других переносил болезнь. Причинами бедствий были недостаток съестных припасов, особенно свежих, сырость наспех возведенных строений, суровость климата. В январе морозы доходили до -35 градусов. Дорого обошлась русским поселенцам неласковая Императорская гавань. Воин Андреевич молча поклонился могильным крестам.
Путятин на фрегате "Паллада" также прибыл в Императорскую гавань. Среди служебной корреспонденции, доставленной из Шанхая на имя Ефима Васильевича, была шифрованная депеша от генерал-адмирала, великого князя Константина Николаевича. В связи с назревавшей войной с вражеской коалицией управляющий морским ведомством предписывал сосредоточить все суда путятинской эскадры в заливе Де-Кастри, куда уже отправлены для соединения с ней фрегаты "Диана", "Аврора" и корвет "Наварин", находившиеся в тихоокеанских водах. Там надлежало дожидаться дальнейших приказаний от генерал-губернатора Восточной Сибири. Однако Путятин принял решение оставаться с эскадрой во Владимирской бухте у Императорской гавани, более удобной, чем Де-Кастри. К тому же Императорская гавань располагалась несколько ближе к Нагасаки, куда Ефим Васильевич еще надеялся вернуться, чтобы завершить свою дипломатическую миссию.
Были приняты меры по укреплению бухты. С борта фрегата, обращенного к берегу, сняли 16 орудий и использовали их в качестве береговых батарей. В.А. Римский-Корсаков должен был по поручению адмирала составить записку о сравнительных качествах Императорской гавани и заливе Де-Кастри, чтобы оправдать нарушение повеления великого князя.
Вскоре "Восток" отправился в залив Де-Кастри для встречи генерал-губернатора Восточной Сибири Муравьева, которого ждали там со дня на день. Так Воин Андреевич имел возможность встретиться с этим выдающимся государственным деятелем.[17]
Не любивший долго засиживаться на одном месте, Николай Николаевич пробыл здесь только сутки и на шхуне вышел из Императорской гавани в Петровское зимовье.
С момента встречи с Муравьевым В.А. Римский-Корсаков выполнял уже его распоряжения, а не Путятина.
Из амурского устья судно двинулось в Аян за почтой, взяв на борт пассажиров — офицеров и нижних чинов да красноярского купца Кузнецова. Купец прибыл с Муравьевым, чтобы завязать здесь торговые сношения с местными жителями и устроить снабжение Амурской экспедиции.