И еще важнее был другой вывод: в каменных кладках, открытых на Хабсагайском холме молодым ученым, наука получила драгоценную путеводную нить, надежный ориентир, который повел последующие поколения археологов к подземным сокровищам. Сколько раз, быть может, археологи ходили раньше над захороненными в земле костяками с их богатым погребальным снаряжением, но не могли об этом догадаться. Ведь не могут же они видеть "сквозь землю". А такие колдовские приборы, которые могли бы показать спрятанные на глубине хотя бы даже десяти-пятнадцати сантиметров нефритовые топоры и черепа неолитических охотников и рыболовов, и сейчас еще не изобретены.
Так началась охота Окладникова за погребениями и стоянками первобытного человека. Но уже и в то время он проявляет большой интерес к этнографии народов Сибири и их фольклору, заселению Сибири русскими и формируется как историк широкого кругозора. Этому способствовала и его работа в музее — заведующим этнографическим отделом.
Внимание молодого ученого привлекают архивные материалы конца XV — начала XVIII веков, связанные с общественно-экономической историей Восточной Сибири — прежде всего с историей русского крестьянства и западных бурят Приангарья и Ленского края. На основании чудом сохранившихся документов он пишет подробную историю ленского села Бирюльского. В судьбе столь, казалось бы, неприметного села отразились важные события, связанные с заселением и освоением Сибири русскими, бунтарский дух крестьян, боровшихся против притеснений со стороны властей, становление того специфического душевного склада, который выражается в слове "сибиряки". К сожалению, эта большая работа, оставшаяся незаконченной, была утеряна во время блокады в Ленинграде, и только материалы о западных бурятах Окладников опубликовал в 1937 году в большой монографии "Очерки из истории западных бурят-монголов (XVII–XVIII вв.)".
Каждое лето Окладников выезжает в археологические экспедиции. В постоянных скитаниях по Лене, Ангаре, Селенге молодой археолог все более и более расширял район своих исследований. И каждый год приносил новые удивительные открытия.
Долгие годы верным и надежным спутником в его нелегкой экспедиционной жизни была Вера Дмитриевна Запорожская — жена и опытный, знающий помощник. Она и после смерти мужа ведет важную работу по изданию того, что он не успел опубликовать.
В 1935 году А.П. Окладников поступает в аспирантуру ведущего в то время археологического учреждения страны — Института истории материальной культуры. Научным руководителем у молодого, но уже прошедшего суровую школу сибирской археологии ученого был П.П. Ефименко — известный советский археолог, создатель школы исследователей древнейшего прошлого человечества — палеолита. Окладников полюбил Ленинград всей душой, всем сердцем, полюбил и шумный Невский проспект, где жил долгое время, и Дворцовую набережную, где размещался институт, и пригороды с пушистыми елями и стройными соснами, так напоминавшими ему сибирскую тайгу.
В Ленинграде, продолжая лучшие традиции отечественной школы археологов и востоковедов, формировалась советская археологическая наука. В то время здесь работала целая плеяда многих выдающихся представителей науки: Н.Я. Марр, И.А. Орбели, В.В. Струве, В.И. Равдоникас, лекции и семинары которых с большим интересом посещает молодой ученый. Вскоре Окладников был избран членом ученого совета Института востоковедения. Встречи и дискуссии с маститыми и с молодыми коллегами — Б.Б. Пиотровским, Н.П. Третьяковым и другими — рождают много интересных мыслей. Наряду с плодотворным, творческим обобщением уже накопленных материалов, Окладников каждое лето ведет неустанный поиск новых памятников…
В 1936 году — открытие в устье Сухой пади, неподалеку от села Верхняя Буреть, уникального палеолитического поселения Буреть, в 1937 году — выход на большую Ангару, от Братска до устья, где были найдены десятки совершенно новых памятников, свидетельствующих о своеобразии в развитии древних культур этого района. Новые памятники, новые открытия, новые идеи — все это находит завершение в фундаментальной сводке — двухтомной монографии "Неолит и бронзовый век Прибайкалья", первый вариант которой принес со временем Алексею Павловичу ученую степень кандидата исторических наук.
Каменные кладки, о существовании которых не подозревали многие исследователи, были теперь прослежены по обоим берегам Лены, начиная от Качуга и до устья реки Илги, а затем и на Ангаре.
Вопреки ожиданиям Бернгарда Эдуардовича Петри Ангара оказалась не только не беднее, но, может быть, даже и богаче Лены. Куда бы ни приходил со своей лопатой Окладников, он снова и снова находил скопления камней, а под ними — неолитические костяки и захоронения людей каменного века. Нужно было только зорко следить жадным неуемным глазом охотника-следопыта за каждым камнем на высоких речных берегах, особенно там, где в Ангару или Лену впадала какая-нибудь маленькая речка, а порой совсем ничтожный по размерам ключик.