Обер-прокурор Святейшего Синода осудил демократию как "невыносимую диктатуру вульгарной толпы" и выступил с уничтожающей критикой предложений Мирского, указав, что приглашение выборных представителей означает ограничение самодержавия, которое имеет не только политический, но и религиозный характер, и потому император не вправе ограничивать свою власть, возложенную на него свыше. Проект был отклонён, а 9 января 1905 года священник Георгий Гапон, когда-то принятый в духовную академию по личной протекции Победоносцева, отслужив молебен и пропев "Отче наш", крестного ходом, под иконами и крестами, вывел на улицы Петербурга тысячи людей, сотни из которых остались лежать там убитыми. Гапон был выведён из толпы эсером Петром Моисеевичем Рутенбергом и спрятан на квартире писателя Горького.
Кровавое воскресение положило начало Первой русской революции. Основным требованием протестующих был созыв выборных народных представителей в форме Учредительного собрания. 14 января в газетах было опубликовано послание Священного Синода под редакцией Победоносцева, в котором проводилась мысль, что протестующие были подкуплены противниками России в войне.
Председатель комитета министров Витте руководил подавлением революции 1905 года, организовав "экзекуционные поезда". Летом 1905 года он добился заключения Портсмутского мирного договора с Японией, а в октябре, в условиях секретности, подготовил Манифест, тайно утверждённый императором без согласования с министрами. Высочайший манифест даровал гражданские свободы и вводил институт народного представительства - Государственную думу. Начало преобразования России в конституционную монархию было положено. Требования протестующих были выполнены, и врагам монархии не было дано никакой возможности этому воспрепятствовать. Затем Витте разрабатывает всеобъемлющую программу реформ и уходит в отставку - человек, с немецкой фамилией уже не мог возглавлять "народное" правительство. Председателем совета министров стал Столыпин, родившийся в Саксонии, куда ездила к родным его мать, и женатый на дворянке из обрусевшего австрийского рода Нейдгардт. Да, Эрнст Вольдемарович, не только враги монархии, но и немцы маскировались. Как комично порой выглядит это трагическое движение вспять - Павел брился начисто, Александр Первый первым отпускает на своём лице растительность - бакенбарды, его сын Николай добавляет к ним усы, у Александра Второго усы и бакенбарды срастаются, а последующие монархи вынуждены ходить совершенно небритыми, став ещё "ближе к народу".
Но наши враги не сдаются, пока живы, и в ноябре 1905 редактор "Московских ведомостей" Грингмут создаёт первую черносотенную организацию в истории России - Русскую монархическую партию, выступавшую за неограниченную монархию и против любых уступок парламентаризму. Вскоре крупнейшие в истории России еврейские погромы охватили южные и юго-западные губернии. Более чем в ста населенных пунктах были убиты сотни евреев, и ответная реакция, конечно, последовала - 1906 год вошёл в историю чередой непрекращающихся терактов в отношении представителей власти. Взрыв на Аптекарском острове 12 августа 1906 года унёс жизни нескольких десятков людей, которые случайно оказались в особняке Столыпина. Столыпин не пострадал, но двое его детей получили ранения. У Натальи были раздроблены кости ног, и несколько лет она не могла ходить. Ранения Аркадия оказались нетяжёлыми. Няня детей погибла.
В 1907 году было совершено покушение на жизнь Витте.
Масштаб ответных репрессий также стал беспрецедентным для российской истории. За 1906-1910 годы по политическим преступлениям было вынесено более пяти тысяч смертных приговоров и более шестидесяти тысяч осуждённых были отправлены на каторгу. Одновременно с этим правительство отменило некоторые ограничения в отношении евреев, а деятельность черносотенных организаций была подавлена.
В результате предпринятых мер революционное пламя было потушено, еврейские погромы прекратились, и террор перестал носить массовый характер, проявляясь лишь единичными актами.
Но реформы не были осуществлены полностью из-за убийства Столыпина, что привело к дальнейшему росту революционных настроений в Империи. Всего на Столыпина планировалось и было совершено 11 покушений. Двое его предшественников на посту министра внутренних дел - Сипягин и Плеве - также были убиты революционерами. Витте неоднократно сетовал на страх и нежелании многих чиновников занимать ответственные посты, боясь за свою жизнь.
После издания Высочайшего манифеста 1905 года Победоносцев был уволен от должности Обер-прокурора Святейшего Синода.