Через три дня к нему явился туда Трубецкой, но не с тем, чтобы предложить бывшему патриарху взять обратно свое решение, а с упреком, что он принял его, не известив предварительно государя, просившего у него тем не менее благословения для себя, царицы, своих детей и крутицкого митрополита, назначенного временно управлять оставленным престолом.
Видя, что решительные меры ему не удались, Никон попытался испробовать противоположные средства, притворившись очень ничтожным и очень смиренным; соглашаясь на все, он объяснил быстроту своего отъезда тем, что боялся, ввиду своей болезни, быть застигнутым врасплох смертью на посту, который он не хотел сохранить за собою. В письме, за подписью «бывшего патриарха Никона», он просил прощения у царя за свои «бесчисленные» ошибки и уверять, что имеет лишь одно желание, чтобы государь его забыл.
Вскоре ему показалось, что это новое поведение произвело как раз ожидаемый эффект: Алексей не торопился назначить ему преемника и в то же время посылал в «Новый Иерусалим» письма, в которых он, говоря о врагах Никона, с которыми ему приходилось бороться, выдавал свое смущение. Тогда бывший патриарх переменил тон; извещенный к тому же, что уже созвана комиссия для просмотра его бумаг, он составил горячий протест и предупредил царя, что кроме государственных тайн, которых он не должен обнаруживать перед нескромным взором, в этих бумагах заключалось и нечто такое, что не должен знать и сам царь.
«Я удивляюсь, писал он ему, откуда могла явиться у тебя подобная смелость! Раньше ты боялся составить свое суждение о простом церковнослужителе, а теперь ты вздумал судить того, кто был пастырем целого мира?»
Он подозревал, что заднею мыслью этого сыска является захват бумаг, в которых сам Алексей давал ему титул «великого государя», и выражался по этому поводу совершенно правильно:
«Я не знаю, каким образом со мною все это произошло, но думаю, что это от тебя самого. Всегда ты меня величал так, когда писал мне письма, и не можешь счесть мои слова ложью».
Но тут он узнал, что розыск касался и богатств, собранных им, и тотчас же напомнил, что сам царь использовал их неоднократно. Он жаловался также, что ему отказывали в должном ему уважении. Оставляя пост главы московской церкви, он тем не менее сохранил свой титул, и благодать Св. Духа его еще не оставила.
Он только что исцелил своими молитвами двух лиц, одержимых падучей! Впрочем, и функционировавшие епископы были по большей части назначены им и они должны оказывать ему уважение и повиновение. Даже и будущий патриарх не может получить свою инвеституру иначе, как от него. Он готов передать ему божественную милость, но «в качестве восковой свечи, сообщающей свое пламя другому, ничего не теряя от этого ни в тепле, ни в блеске». А пока он не допускает, чтобы кто-либо захватил его место. Он не хочет воротиться туда, «как собака возвращается к собственному извержению», но в то же время он запрещает Крутицкому митрополиту заменить себя в процессии в день вербной субботы. Словом Никон не был больше патриархом, но претендовал, чтобы с ним обращались, как если бы он им оставался, и вместе с почестями за ним сохранилась власть, связанная с этой функцией.
Таким образом создавшееся положение являлось очень затруднительным, так как оно, к несчастию, совпало с событиями, подорвавшими кредит, который нужен был Алексею, чтобы выйти с выгодой для себя из этой травли. На другой же день после отъезда Никона, измена Выговского, гетмана украинских казаков, примкнувших к Москве, сильно скомпрометировала дело этих новых заправил власти, и бывшему патриарху было как раз на руку дать понять, что он один мог бы предотвратить катастрофу. В июле 1659 года казаки, поляки и татары, соединившись вместе, нанесли самой лучшей части царской армии страшное поражение. Ждали, что они скоро появятся под стенами столицы. Никон воспользовался этим, как текстом для новых комментариев, и на этот раз ему удалось получить со своим прежним другом свидание, не приведшее впрочем к ожидаемым результатам.
В промежутке бывший патриарх слишком много писал и неловко надоедал своему августейшему корреспонденту. То взывая к воспоминаниям прошлого, он пытался его растрогать: «Я делил с тобою трапезу, а теперь живу один, как собака… Я не жалею о потерянном хлебе, но не могу жить без твоей милости и твоего расположения», говорил он. Но тотчас же у него брал верх его раздражительный темперамент и он припоминал все неприятные события момента, чтобы поразить своего друга в самое чувствительное место: «Ты рекомендуешь пост, но кто в настоящее время не постится? Во многих местах за недостатком хлеба постятся до самой смерти. И с самого начала твоего царствования не было жалости ни к кому. Всюду плач и рыдания, жалобы и вздохи, и нет существа, которое радовалось бы в эти дни печали».