Характерно, что в составленном 21 июня 1904 г. акте комиссии о конструктивных недостатках лодки ничего не было сказано и вся вина за происшедшую аварию была возложена на временно командовавшего лодкой лейтенанта Черкасова. Труп Черкасова был найден не в рубке, а в кормовой части лодки. Уход Черкасова со своего поста при затоплении лодки осуждался комиссией в упомянутом акте.
Иначе освещает поведение Черкасова М.Н. Беклемишев. При опросе на следствии он показал: «по словам кого-то из спасшихся нижних чинов команды судна, сам (т.е. Черкасов, – Г.Т.) во время гибели последнего не пожелал спасаться, а удалился в корму». Из показания Беклемишева видно, что Черкасов, находясь под рубочным люком и имея полную возможность вынырнуть из лодки одним из первых, не воспользовался этой возможностью. Он проявил исключительное мужество, следуя традиции моряков: в случае гибели корабля командир покидает его последним. При погружении лодки у концевых цистерн находились офицеры – Елагин (в носу) и Горачеев (в корме). Они были дальше от рубочного люка, чем многие матросы. Однако матросы помогали офицерам пробраться к рубочному люку и вынырнуть на поверхность (что видно из показаний Елагина на следствии о причинах аварии лодки).
После аварии, в 22 ч 30 мин того же дня лодка была поднята с помощью двух кранов до выхода рубки из воды. В лодку опустили шланги, через которые началась откачка воды насосами буксиров, подошедших к лодке. Когда было удалено из лодки около 25 тонн воды, последовал взрыв гремучей смеси (аккумуляторные газы и пары бензина) и из рубки выбросило пламя с большим количеством дыма. Взрыв меньшей силы на '’Дельфине» произошел ранее, в 5 ч 30 мин того же дня, когда рубка находилась еще под водой, закрытая брезентом, под который были опущены шланги для откачки воды и нагнетания воздуха, с целью удаления газов из лодки. Тогда выкинуло из лодки невысокий столб пламени с белым дымом, имевшим запах бензина. Пламенем взрыва были обожжены поручик Гаразаев, три человека из команды «Дельфина», спасшиеся при его затоплении, и двое рабочих Балтийского завода. При втором взрыве лодка получила дополнительные повреждения.
Причинами этих взрывов явились следующие обстоятельства. В лодке около мотора находилась большая цистерна с бензином.снабженная высокой стеклянной измерительной трубкой. Трубка эта была разбита телами тонущих матросов, бензин стал выливаться в отсек и всплывать на поверхность воды, заполнившей отсек. Когда рубку закрыли брезентовым пластырем н начали откачку воды, бензин стал испаряться. Искра же, необходимая для взрыва паров бензина, смешавшихся с аккумуляторными газами, появилась из-за неисправности электропроводки. Изоляция проводчиков на «Дельфине» не обладала водонепроницаемостью. Матросы по этому поводу говорили:«у нас хлопни проводником по воде, так искры сыплются». Перед погружением электрическое освещение включили, и вся проводка находилась под током (лампочки горели и после подъема «Дельфина»). При такой изоляции кабелей достаточно было пошевелить их шлангом, опущенным в лодку для выкачивания воды, чтобы вызвать искры и взрыв.
После подъема лодка была полностью восстановлена, и на ней были произведены испытания механизмов. систем и устройств, а осенью 1904 г. ее отправили во Владивосток.
Балтийский завод с постройкой подводных лодок справился весьма успешно. Все шесть лодок типа «Касатка» были спущены на воду в установленный срок; последнюю из них «Налим» спустили на воду 26 августа 1904 г. Постройка серии из 5 подводных лодок в России в течение 8 месяцев являлась рекордной для того времени. После спуска лодок, на них продолжался монтаж систем и устройств.
6 сентября были закончены монтаж па «Касатке» (па Балтийском заводе) и сборка «Сома» (на Невском заводе) и обе лодки приступили к испытаниям н обучению команд.
Первые испытания «Касатки» были неудачны: при уходе под воду верхней палубы во время погружения у лодки создавался большой дифферент на корму. Для ликвидации дифферента на кормовой части лодки установили поплавок, симметричный рубке, расположенной в носовой части. Попутно с этим увеличили площадь горизонтальных рулей. При испытании «Касатки» обнаружились и другие дефекты, которые решено было устранять уже по прибытии во Владивосток.
6 октября начались занятия на лодках «Скат», «Налим» и «Фельдмаршал граф Шереметев» (без батарей аккумуляторов, которые уже были отправлены во Владивосток с эшелоном 8 сентября).
2 октября члены Морского Технического комитета проверили на Кронштадтском рейде маневренность подводных лодок «Дельфин» и «Касатка», а 17 октября эти лодки сделали по два выстрела торпедами, причем торпеды вышли из аппаратов без замечаний.