Во время плавания выяснилось много недостатков. В отзывах командира лодки отмечалась медленность погружения: «цистерны удавалось заполнить в течение 5-6 минут». Кроме того, отмечалась трудность управления вертикальным рулем: «Чтобы переложить с борта на борт руль, требуется 140 оборотов штурвала… рулевой сильно утомляется… отсюда следует запоздание действия рулем и большая циркуляция под водой». Наряду с этим командир доносил о вертикальной неустойчивости лодки на подводном ходу и предлагал увеличить площадь горизонтальных рулей, сделав их более сбалансированными.
В отчете особо отмечался конструктивный недостаток рубки: в штормовую погоду вода попадала в лодку через входной люк. который нельзя было закрывать при работе бензиновых моторов.
Эта лодка была собрана окончательно во Владивостоке и начала плавать в первых числах мая 1905 г. 9 мая было повреждено динамо, которое исправляли 10 дней. Затем лодка приступила к торпедным стрельбам: первые три выстрела были хорошими, остальные – неудачными вследствие задержки хвостовой части торпеды «щипцами» решетчатого аппарата. При обследовании обнаружилось оборжавление пружин, раскрывающих «щипцы» при выходе торпеды из аппарата. Во время ремонта командир лодки лейтенант Заботкин внес ряд полезных предложений. В частности, он предложил присоединить трубу внутренней вентиляции концевых цистерн к трубе судового вентилятора, которым можно было отсасывать воздух из концевых цистерн во время заполнения при погружении лодки. Это предложение оправдало себя на практике: время заполнения цистерн сократилось; соответственно уменьшилось и время погружения.
В заключение своего отчета о плавании лодки в 1905 г. Заботкин писал: «из окончательных опытов видно, что лодки типа «Касатка» не только по своим качествам не уступают другим подводным, лодкам (имеются в виду лодки Голланда и Лэка – Г.Т.), но по многим частям имеют перед ними превосходство».
Подводная лодка «Налим» была окончательно собрана во Владивостоке 7 мая 1905 г. 9 мая взорвался один из аккумуляторов, (от искры при смене предохранителя).
Плавание лодки вначале проходило очень неудачно из-за того, что техника была плохо освоена личным составом. В течение лета 1905 г. лодка несколько раз внезапно и с большим дифферентом уходила на глубину до 55 м. Только в начале августа удалось установить причину этих ненормальных погружений. Оказалось. что при заполнении концевых цистерн главного балласта в них оставался воздух и при открытых кингстонах вода поступала в цистерны и сжимала воздух тем больше, чем глубже погружалась лодка. Все кончалось благополучно благодаря достаточному запасу прочности корпусов подводных лодок типа «Касатка».
Опыт погружений других лодок этого типа помог экипажу подводной лодки «Налим» овладеть ее техникой. что видно из донесения лейтенанта Белкина: «Миноносец «Налим» и «Фельдмаршал граф Шереметев» в конце августа не имели уже соперников во всем отряде…»
Из числа недостатков подводных лодок типа «Касатка», отмеченных ранее, наиболее важными были неудовлетворительные мореходные качества. Еще в октябре 1904 г. при выходе подводной лодки «Касатка» в Финский залив обнаружилось, что при состоянии моря 3-4 балла волна заливает верхнюю палубу и вода попадает в лодку через входной люк. Этот недостаток сразу же был признан весьма серьезным. Необходимость срочной отправки подводных лодок на театр военных действий не позволяла заниматься устранением такого серьезного дефекта, который мог быть ликвидирован только установкой ограждений рубок с возвышающимся мостиком для управления лодкой в надводном положении. Четыре лодки типа «Касатка» отправили во Владивосток без ограждений рубок, а две подводные лодки («Окунь» и «Макрель») оставили на Балтийском заводе для установки на них новых рубок и производства других переделок.
13 декабря 1904 г. Балтийский завод получил наряд на изготовление новых рубок и ликвидацию носовой рубки и поплавка в корме на всех подводных лодках типа «Касатка». Плавание лодок этого типа на Тихом океане подтвердило необходимость установки средних рубок с командным мостиком, возвышающимся над палубой. И.Г. Бубнов возражал против установки таких рубок во время воины. Он .считал, что для этих работ потребуется около трех месяцев – срок для военного времени недопустимый. В результате, новые рубки на подводных лодках типа «Касатка» были установлены лишь после окончания войны с Японией.
Несмотря на многие недостатки подводных лодок типа «Касатка», все же следует признать их более совершенными и надежными, чем лодки Голланда и Лэка. Подводные лодки типа «Касатка» имели значительную дальность плавания: 700 миль над водой при скорости 8,5 узла и 30 миль под водой при скорости 5.5 узла. Лодка имела четыре поворотных торпедных аппарата и два перископа. Прочность корпуса позволяла погружаться на большие глубины.