В 1909 г. его назначили профессором кораблестроительного факультета Петербургского политехнического института, а в следующем году он стал профессором Морской Академии.
В 1915 г. на конкурсе, объявленном русским правительством, был принят его проект подводного корабля водоизмещением 971 т, хотя он и уступал проекту Голланда (952 т), т.к. было принято решение развивать русский тип подводной лодки.
Преждевременная смерть от сыпного тифа оборвала кипучую жизнь талантливого человека – творца первых русских боевых подводных лодок.
Соавтором Бубнова при создании проектов первых лодок «Дельфин» и «Касатка» был Н.Н. Беклемишев; третий член комиссии И.С. Г'орюнов работал только до октября 1901 г.
Комиссия по проектированию подводной лодки была хорошо информирована о состоянии подводного плавания за рубежом и конструкциях строившихся там подводных лодок. Прежде всего : комиссии были известны проекты, представленные на Международный конкурс в 1898 г. в Париже, где демонстрировались проекты Джевецкого («водобронный миноносец») и Лобэфа (двухкорпусная подводная лодка «Нарвал»). На основе этого проекта Лобэф создал новый проект полуторакорпусной подводной лодки, по которому во Франции в 1901-1903 гг. были построены 4 подводные лодки.
Бубнов и Беклемишев хорошо знали особенности устройства и других иностранных подводных лодок. Беклемишев неоднократно ездил за границу для ознакомления с конструкциями строившихся там лодок. Так из отчета Беклемишева о командировке в США в 1901 г. видно, что ему удалось побывать на последней лодке Голланда и ознакомиться с ее устройством. Оказалось, что на лодках Голланда цистерны главного балласта расположены внутри прочного корпуса. На подводной лодке «Протектор», построенной в Америке по проекту Лэка, часть водяного балласта была размешена иначе – в надстройке над прочным корпусом. Беклемишев присутствовал во время одного из погружений лодки Голланда. Побывал Беклемишев также в Англии, Германии и Италии.
Собрав и обобщив эти сведения, Бубнов и Беклемишев разработали свой проект, отличавшийся от иностранных. Они разместили главный балласт в концевых легких цистернах, вне прочного корпуса. Такое расположение цистерн главного балласта позволило лодкам русского типа погружаться на предельные для прочного корпуса глубины, не опасаясь того, что при повреждении этих цистерн забортная вода попадет внутрь прочного корпуса лодки.
Для проектирования подводной лодки были выработаны следующие задания:
– прочность и простота устройства при значительной, наибольшей технически достижимой мощности двигателей (исходя из принципа наименьших затрат предложено было строить лодку возможно меньшего водоизмещения, но при скудости сведений о подводных лодках в отношении удельного значения весов по системам и устройствам и нахождении этих данных собственными расчетами водоизмещение лодки было предложено около 100-150 т);