Наконец 13 февраля утром государь велел выбрать из каждой улицы по лучшему человеку и поставить перед собою. Они стали перед ним с трепетом, изможденные, унылые, как мертвецы, но царь взглянул на них милостивым и кротким оком и сказал: «Жители Великого Новгорода, оставшиеся в живых! Молите Господа Бога, Пречистую Его Матерь и всех святых о нашем благочестивом царском державстве, о детях моих благоверных, царевичах Иване и Федоре, о всем нашем христолюбивом воинстве, чтобы Господь Бог даровал нам победу и одоление на всех видимых и невидимых врагов, а судит Бог общему изменнику моему и вашему, владыке Пимену, его злым советникам и единомышленникам: вся эта кровь взыщется на них, изменниках; вы об этом теперь не скорбите, живите в Новгороде благодарно, я вам вместо себя оставлю правителем боярина своего и воеводу, князя Петра Даниловича Пронского».
В тот же день Иоанн выехал из Новгорода по дороге в Псков; владыку Пимена, священников и дьяконов, которые не откупились от правежа, и опальных новгородцев, которых дело еще не было решено, отослали с приставами в Александровскую слободу. Какое впечатление произвел на новгородцев погром, всего лучше видно из следующего известия: 25 мая 1571 года в церкви св. Параскевы на торговой стороне у обедни было много народа; когда после службы стали звонить в колокола, вдруг на всех напал таинственный ужас, все побежали в разные стороны, мужчины, женщины, дети, толкали друг друга, не зная, куда бегут, купцы пометали лавки, отдавали товары собственными руками первому попавшемуся. Точно такое же известие о пополохе встречаем в летописях под 1239 годом, после Батыева погрома.
Зверства Ивана Грозного в Новгороде. Гравюра
Из Новгорода Иоанн направил путь к Пскову; псковичи боялись участи новгородцев; по распоряжению воеводы, князя Токмакова, они встретили Иоанна каждый перед своим домом с женами и детьми, держа в руках хлеб и соль; завидев царя, все падали на колена. Иоанн недолго прожил в Пскове, велел грабить имение у граждан, кроме церковного причта взял также казну монастырскую и церковную, иконы, кресты, пелены, сосуды, книги, колокола.
Но дело не кончилось Новгородом и Псковом: по возвращении царя в Москву началось следствие о сношениях новгородского архиепископа Пимена и новгородских приказных людей с боярами – Алексеем Басмановым и сыном его Федором, с казначеем Фуниковым, печатником Висковатовым, Семеном Яковлевым, с дьяком Васильем Степановым, с Андреем Васильевым, с князем Афанасием Вяземским; сношения происходили о том, чтоб сдать Новгород и Псков литовскому королю, царя Иоанна извести, на государство посадить князя Владимира Андреевича. Это сыскное изменное дело до нас не дошло, а потому историк не имеет права произнести свое суждение о событии. Известны следствия: казнены были князь Петр Оболенский-Серебряный, Висковатый, Фуников, Очин-Плещеев, Иван Воронцов, сын известного нам Федора, и многие другие, 180 человек прощено; всего удивительнее встретить между осужденными имена главных любимцев Иоанновых – Басмановых и Вяземского; Вяземский умер от пыток, Алексей Басманов, как говорят, был убит сыном Федором по приказанию Иоанна. Владыка Пимен Новгородский сослан был в Венев.
Известно нам и состояние души Иоанна, образ его мыслей после рассказанных событий; к 1572 году относится единственное дошедшее до нас духовное завещание его. В этой духовной царь высказывает убеждение, что он и семейство его непрочны на московском престоле, что он изгнанник, ведущий борьбу с своими врагами, что этой борьбе не видать близкого конца, и потому Иоанн дает наставление сыновьям, как им жить до окончания борьбы. Завещание начинается исповедью Иоанна. ‹…›
Что Иоанн не был уверен в счастливом для своего семейства окончании борьбы, свидетельствуют следующие слова завещания: «Нас, родителей своих и прародителей, не только что в государствующем граде Москве или где будете в другом месте, но если даже в гонении и в изгнании будете, в божественных литургиях, панихидах и литиях, в милостынях к нищим и препитаниях, сколько возможно, не забывайте».