След Димитрия не был отыскан. Борис принялся за бояр Романовых. Этот род был самый близкий к прежней династии, они были двоюродными братьями покойного царя Федора. Романовы не были расположены к Борису. Борис мог подозревать Романовых, когда ему приходилось отыскивать тайных врагов. По известиям летописей, Борис придрался к Романовым по поводу доноса одного из их холопов, будто они посредством кореньев хотят извести царя и добыть «ведовством» (колдовством) царство. Четырех братьев Романовых – Александра, Василия, Ивана и Михаила разослали по отдаленным местам в тяжелое заключение, а пятого, Федора, который, как кажется, был умнее всех их, насильно постригли под именем Филарета в монастыре Антония Сийского. Затем сослали их свойственников и приятелей – Черкасского, Сицкого, Репниных, Карповых, Шестуновых, Пушкиных и других. Ссылка постигла даже дьяка Василия Щелкалова, несмотря на прежнюю к нему милость и дружбу Бориса с его братом Андреем. Поместья и вотчины сосланных отбирались в казну, имущество продавалось, доносчики получали награды. Шпионство развилось до крайних пределов. По московским улицам, – говорят современники, – «то и дело сновали мерзавцы, да подслушивали», и чуть только кто заведет речь о царе, о государственных делах, сейчас говорунов хватают – и в пытку… Где только люди соберутся, там являются соглядатаи и доносчики. Все пустилось на доносы, потому что это было выгодно. Доносили друг на друга попы, дьяконы, чернецы, черницы, жены на мужей, отцы на детей; бояре и боярыни доносили одни на других: первые царю, вторые царице. У холопов вошло в обычай составлять на господ доносы, и чуть извет казался правдоподобным, господ поражала опала, а холопам давали свободу, записывали в число служилых, наделяли поместьями. Случалось и напротив, что холопы стояли за своих опальных господ и хотели оправдать их. Таких холопов предавали пыткам, и если они не выдерживали горячих угольев и кнута и путались в показаниях, то им резали языки. Вообще достаточно было одного обвинения в недоброжелательстве государю: подозреваемых тотчас подвергали пыткам, и если они под пыткой оказывались сколько-нибудь виновны, их заключали в темницы или отправляли в ссылку. Обыкновенно обвиняли опальных в ведовстве.
Борис упорно скрывал то, что он действительно искал, но высказывал другого рода страх, чтобы его и семью его не испортили чарами, наговорами, зельями. Донесли Борису, что уже в Польше поговаривают, будто законный наследник прежних государей московских жив. Борис, не упоминая имени Димитрия, приказал поставить на западной границе караулы, всех задерживать и доносить ему. Так прошло несколько месяцев. Трудно было переезжать из города в город. Все знали, что ищут каких-то важных преступников, но никому не объявляли, кого ищут. По всему Московскому государству было схвачено и перемучено множество невинных людей, а того, кого нужно было Борису, не находили.
В эти тяжелые времена доносов и пыток постиг Русь страшный голод, довершивший подготовку к потрясениям. Уже в 1601 году, от дождливого лета и от ранних морозов произошел во многих местах неурожай: зимою в Москве цена хлеба дошла до пяти рублей за четверть. В следующем 1602 году был такой же неурожай. Тогда постигла Московское государство такая беда, какой, говорят современники, не помнили ни деды, ни прадеды. В одной Москве, куда стекались со всех сторон толпы нищих, погибали десятки тысяч, если верить русским и иностранным известиям. Бедняки ели собак, кошек, мышей, сено, солому и даже, а припадке бешенства, с голоду, пожирали друг друга. Вареное человечье мясо продавалось на московских рынках. Дорожному человеку опасно было заехать на постоялый двор, потому что его могли зарезать и съесть.
Тем не менее, современники свидетельствуют, что в то время не было на Руси недостатка в хлебе. В окрестностях Курска и на Северской земле урожаи были очень хороши. Около Владимира на Клязьме и в разных уездах украинных городов стояли полные одонья немолоченого хлеба прошлых годов. Но мало было людей, готовых жертвовать личными выгодами для общего дела. Напротив, большая часть старалась извлечь себе корысть из общего бедствия.