Отрабатываются и механизмы организации и функционирования общества на разных иерархических уровнях. Неолитические поселки Джейтунской культуры представляли собой агломерат небольших однокомнатных домов и примыкающих к ним хозяйственных участков как мест обитания и жизнедеятельности мельчайших общественных организмов — малых семей. Частично эта традиция сохраняется и в пору раннего энеолита, как показывают раскопки Анау и Дашлыджи-депе. Затем появляются все более отчетливые свидетельства того, что роль такой исходной молекулы общества переходит к более крупным коллективам. Так, небольшие поселения геоксюрского оазиса времени Намазга II состоят из 8—20 отдельных домов, расположенных бок о бок: налицо тенденция к образованию больших многокомнатных массивов. Наличие общего для всего поселения зернохранилища и святилища-дома общих собраний подчеркивает хозяйственное и идеологическое единство обитавших здесь коллективов. Скорее всего, это была большесемейная община, объединявшая несколько малых семей, связанных друг с другом кровными узами и общей хозяйственной деятельностью. Только такие относительно крупные коллективы могли обеспечить успешное функционирование оросительных систем, на которых базировалось поливное земледелие.
В позднем энеолите это явление нашло свое закрепление в новом архитектурном стандарте. Основным типом застройки, что видно по результатам раскопок Кара-депе и Геоксюра, становятся многокомнатные дома, заранее возводившиеся как крупные строения. Исходной планировочной единицей здесь была жилая комната с примыкающим хозяйственным отсеком, рассчитанным на ту же малую семью. Однако общая кухня, общий хозяйственный двор, общие зернохранилища, а на Геоксюре и общие святилища свидетельствуют о значительном единстве всех обитателей домов- массивов. Подобные дома с самого момента своего возникновения были рассчитаны на коллектив из нескольких семей, живущих под одной крышей и ведущих общее хозяйство. Такой коллектив или большесемейная община, объединявшая, судя по планировке раскопанных домов, от 4 до 8 малых семей, становится теперь основной ячейкой поселка в целом. На это указывают и изменения, происшедшие в погребальном обряде. Именно в пору позднего энеолита в Южном Туркменистане появляются коллективные захоронения в специальных гробницах, где находятся останки взрослых особей обычно от 3 до 10 человек, а порой и более 20. По половозрастному составу они могут быть интерпретированы именно как усыпальницы отдельных большесемейных коллективов, тем более что в них имеется и захоронение патриарха, а по зубам определено наличие среди захороненных в одной гробнице близких родственников (Сарианиди, 1972).
Труднее судить о более значительных подразделениях общественной организации. Высшей структурной единицей раннеземледельческого общества становится оазисная система расселения с двучленной иерархией самих поселений. Если небольшие поселки геоксюрского оазиса, судя по размерам, вполне могли быть местом обитания большесемейных коллективов, то центральный поселок Геоксюр I с его по меньшей мере двухтысячным населением явно представлял собой более сложный организм, объединяющий несколько десятков большесемейных или домовых общин. Возможно, существовала и еще какая-то промежуточная общественная структура, как например родовая община, тогда как оазис в целом мог быть заселен одним племенем. Показательно, что на Геоксюре I коллективные гробницы, которые можно рассматривать как усыпальницы отдельных большесемейных общин, порой группируются в замкнутые планировочные единицы, объединяющие от 4 до 7 подобных мавзолеев.
Для того чтобы организовать жизнедеятельность таких относительно значительных масс населения и прежде всего нацелить их на общий труд в ирригационном земледелии, необходимы были определенным образом функционирующие органы управления, скорее всего советы старейшин, так же как вожди и жрецы разных рангов. Археологические свидетельства существования подобных институтов немногочисленны и носят главным образом косвенный характер. Так, именно в позднем энеолите, когда налицо данные об усложнении разных сторон жизнедеятельности общества, появляются терракотовые статуэтки, изображающие мужчин в небольших окрашенных черным шапочках или в боевых шлемах. Возможно, эти терракоты связаны со становлением культа вождей как частного проявления культа предков и воспроизводят жрецов и вождей, успешно выполнявших функции хозяйственного, идеологического и военного лидерства.