По Западной Украине прошелся мощный каток репрессий. Вслед за армией на территорию бывшей Польши входили оперативные группы НКВД, начинались аресты, часто по заранее составленным спискам. Аресты коснулись представителей всех этнических групп. Всего за период с сентября 1939-го по февраль 1941 года в западных областях УССР были арестованы 21 449 поляков, 19 982 украинца, 12 695 евреев, 178 белорусов. В 1940 году была проведена масштабная депортация – 170 тысяч человек отправились в Сибирь на спецпоселение. Руководил репрессивными акциями нарком внутренних дел Украины Иван Серов.
Хрущёв не пытался противодействовать репрессиям, по крайней мере у нас нет документальных доказательств на этот счет. Но чрезмерная активность, а тем более независимость чекистов его раздражала. Первое знакомство Хрущёва с Серовым началось с конфликта, причем весьма острого. По свидетельству Серова, Хрущёв «ругался нецензурно», набросился на него с кулаками, кричал «истеричным голосом». «Ваши работники стараются подмять партийное руководство под себя», – возмущался Хрущёв. Потом, правда, отношения наладились, и Хрущёв даже поспособствовал продвижению Серова на пост министра государственной безопасности СССР. Серов тоже не остался в долгу: помог Хрущёву вывезти с Украины компрометирующие его документы, в том числе доказывающие причастность первого секретаря Украины к репрессиям 1938–1940 годов.