Государственное правосудие и управление сосредоточивалось в столице, где существовали чети, или приказы, к которым были приписаны русские земли. В них судили бояре или окольничьи, дьяки вели дела, а под ведомством дьяков состояли подьячие. В областях мы видим судебное и административное деление на города и волости. При городах были обыкновенно посады (города в нынешнем смысле), иногда и без города существовали посады, составлявшие до известной степени особое управление, так как посадские люди, занимавшиеся ремеслами, промыслами и торговлей, отличались от волостных. Волости были собранием земледельческих сел. Город с волостями составлял уезд, разделявшийся в полицейском отношении на станы. Уезд заменил старинное понятие о земле: как прежде городу нельзя было быть без земли, так теперь городу нельзя было быть без уезда, подобно тому как деревне нельзя быть без полей и угодий. В городах и волостях управляли наместники и волостели, которые могли быть и с боярским судом (с правом судить подведомственных им людей, подобно боярам в своих вотчинах) или без боярского суда. Они получали города и волости себе «в кормление», то есть в пользование. Суд был для них доходною статьею, но это был собственно доход государя, который передавал его своим слугам вместо жалованья за службу. Там, где они сами не могли управлять, они посылали своих доверенных и тиунов. На суде наместников были дьяки и разные судебные приставы с названиями – праветчиков (взыскателей), доводчиков (звавших к суду и также производивших следствие), приставов (которые стерегли обвиненных) и недельщиков (посылаемых от суда с разными поручениями).
Рядом с этим государевым судебным механизмом существовал другой – выборный народный. Представителями последнего были: в городах – городовые приказчики и дворские, а в волостях – старосты и целовальники. Старосты были двоякого рода: выборные полицейские и выборные судебные. Общества были разделены на сотни и десятки и выбирали себе блюстителей порядка: старост, сотских и десятских. Они распоряжались раскладкою денежных и натуральных повинностей и вели разметные книги, где записаны были все жители с дворами и имуществами. Старосты и целовальники, которые должны были сидеть на суде наместников и волостелей, выбирались волостями или же вместе с ними и теми городами, где не было дворского. Всякое дело, производившееся в суде, писалось в двух экземплярах и в случае надобности поверялось тождество между ними. Как у наместников и волостелей были свои дьяки, так у старост – свои земские дьяки, занимавшиеся письмоводством, а у этих дьяков – свои земские подьячие.
Важные уголовные дела подлежали особым лицам – губным старостам, избранным всем уездом из детей боярских; в описываемое время их суду подлежали только разбойники. Это учреждение явилось в некоторых местах еще в малолетство Иоанна и вызвано было усилившимися разбоями. В некоторых уездах было по два губных старосты. Власть их была велика: все равно должны были подчиняться их суду.
Судебник заботился об ограждении народа от тягости государственного суда и от произвола наместников и волостелей: последние, в случае жалоб на них, подвергались строгому суду. Выборные судьи могли посылать приставов за людьми наместников и волостелей; и если бы наместники и волостели взяли кого-либо под стражу и заковали, не заявив о том выборным судьям, то последние имели право силой освободить арестованных. Только служилые государевы люди подлежали одному суду наместников и волостелей.
При желании обезопасить народ от произвола законодатели, составляя Судебник, уже имели в виду постепенно устранить земство от суда наместников и волостелей и заменить чем-нибудь другим отдачу им в кормление городов и волостей. Это отчасти видно из того, что в 1550 году раздавали во множестве детям боярским земли в поместья, разделяя их на три статьи и принимая во внимание, чтобы получали поместья те, которые не имели своих отчин. Это делалось именно с целью заменить доходы кормления наместников и волостелей дачею им земельных угодий. Эта мера, принятая в то время, значительно увеличила военную силу. К этому времени относится и образование стрельцов из прежних пищальников. Они составляли особый военный класс, жили при городах слободами, разделялись на приказы и вооружены были огнестрельным оружием и бердышами.