Сначала он по заданию папы едет в Россию, чтобы ознакомиться с обстановкой на Востоке. Перед молодым импозантным графом, сыном известного магната, широко открылись двери салонов Петербурга и Киева, чем он не преминул воспользоваться, завязывая влиятельные связи. В Киеве граф Роман познакомился с историком и этнографом, связанным с австро-венгерской разведкой, — Владимиром Антоновичем. Биограф Шептицкого Лонгин Цегельский утверждает, что именно под воздействием настроений киевской интеллигенции решение 22-летнего Романа перейти из католичества в униатство стало непоколебимым.
В конце апреля 1888 года в Добромиле Роман Шептицкий вступил в орден василиан. Причем, по высочайшему указанию из Ватикана был нарушен установленный порядок: Шептицкого облачили в монашеские одежды без необходимого по уставу ордена «постулаторства», т. е. шестимесячного испытательного срока. Имя он себе выбрал — Андрей, наверно, в честь апостола Андрея Первозванного, который, согласно преданию, первым установил крест на днепровских кручах в Киеве. Вскоре из Ватикана приходит беспрецедентное по быстроте для церковной карьеры назначение молодого Шептицкого магистром этого ордена.
В Добромильском монастыре Андрей Шептицкий долго не задержался. Уже в 1890 году его назначают игуменом василианского монастыря во Львове, где для энергичного молодого деятеля было гораздо больше возможностей проявить себя.
В 1898 году умирает глава униатской церкви кардинал Сильвестр Сембратович. Шло время, но на эту должность никого не назначали. За короткое время Андрея Шептицкого рукоположили в епископы и отдали ему Станиславскую епархию. Затем состоялась интронизация митрополита Андрея, графа Шептицкого, ставшего первоиерархом греко-католиков Галиции. Это произошло 17 января 1901 года. Показательно, что при этом, помимо традиционного титула главы униатской церкви — митрополит Галицкий, архиепископ Львовский, епископ Каменец-Подольский, — новый митрополит получил от папы Льва XIII наименование «апостольского администратора Украины», хотя за пределами Австро-Венгрии, в той части Украины, которая входила в состав Российской империи, тогда не было ни одного униатского прихода.
В 1888 году — монах, магистр ордена василиан, в 1890-м — игумен василианского монастыря, в 1899 году епископ, в 1900 году — митрополит. И все это и 35 годам! Неслыханный в истории церкви взлет…
Так «старые меха» были наполнены «молодым вином»… Андрей Шептицкий понимал, что борьба со «схизмой» Востока «огнем и мечом» уже не может принести успеха. Он начал разрабатывать новую тактику, в первую очередь как дипломат и проповедник, получив одобрение папы Льва XIII и конгрегации по пропаганде веры. Эта новая тактика базировалась на поощрении сепаратистских движений среди украинцев и белорусов, на разжигании у них вражды к «москалям».
Несмотря на свой высокий сан, с разрешения цесаря Франца-Иосифа и с благословения Ватикана, Андрей Шептицкий совершает настоящее шпионское путешествие в Россию. Сменив сутану на гражданскую одежду, под именем доктора Евгения Олесницкого через Германию он едет в «страну схизматов». Посетив Вильнюс, Минск, Слуцк, Витебск и другие города, прелат-шпион налаживал связи с ватиканской агентурой, вербовал и инструктировал новых агентов. Когда же Шептицкий собрался посетить Малороссию, с ним произошел казус: митрополит утерял подделанный австрийской разведкой паспорт. Пришлось ему, срочно свернув свою деятельность, возвращаться во Львов. Фальшивый паспорт попал в руки русской контрразведки, но там, увы, не поняли, какая важная птица улизнула. Только «поставили на учет» как австрийского шпиона… И это был не единственный подрывной вояж владыки в Россию.
После возвращения с Востока Шептицкий зарабатывает себе политический капитал с помощью проверенного способа — филантропической и меценатской деятельности. За средства митрополии он разворачивает строительство музея, больницы, выделяет пособия бедным семинаристам, художникам, артистам. При этом умело пропагандирует униатство.
Постепенно резиденция митрополита превращается в центр антироссийских сил. Этот факт не скрывают даже его биографы. Лонгин Цегельский писал: