В те страшные годы к нему часто приходили узнать о судьбах близких. На все вопросы он всегда уверенно отвечал: «Не плачь, жив твой муж и скоро вернется, уже на поезд садится!» или: «Не придет, молись об упокоении». И всегда его слова сбывались. При этом ему не надо было, как нынешним экстрасенсам, расспрашивать людей, просить их приносить вещи близких. Отец Серафим, едва взглянув на человека, сразу все видел, чувствовал и угадывал безошибочно.
С конца 1920-х годов стал проявляться у старца Серафима чудесный дар исцеления. Однажды к нему привели одержимую женщину, она не могла войти в храм, как ее начинало трясти. Он повел бесноватую к иконам, поставил на колени, а сам стал рядом. Помолившись, помазал ей лоб маслом из лампады. Женщину стало корчить, на губах выступила пена, ужасные крики ее начали переходить в собачий лай. Серафим накрыл ее епитрахилью и долго читал молитвы, пока она не успокоилась. С тех пор беснование кончилось, больная полностью исцелилась.
Как-то в Вырице шестилетний мальчик упал с высокого дерева и разбился, как все думали, насмерть. Он не двигался и не дышал. Мать, рыдая, на руках отнесла ребенка к старцу. Отец Серафим сказал: «Положи его». Затем помолился над мальчиком и благословил. Ребенок встал и через несколько минут уже бегал по улице.
Свидетелей таких чудес было множество. Жительница Вырицы Клавдия Печковская вспоминала: «Во время войны я получила сильное ранение в голову, и меня мучили непрестанные головные боли. Врачи ничем не могли помочь. Отец Серафим сказал: «Подойди поближе, сейчас мы тебя вылечим». Он накрыл мою голову епитрахилью и возложил на меня руки. С тех пор я не знаю, что такое головная боль».
К праведнику шли толпами. Постоянным гостем у старца был знаменитый во всем мире академик Иван Павлов, которого в советские времена старались изобразить атеистом. На самом деле он был глубоко верующим человеком, а с большевиками хитрил. Приезжали академик астрономии Глазенап, известный своими трудами в области квантовой механики академик Фок, биолог Орбели, гомеопат Фаворский и другие светила науки. Они вели с отцом Серафимом задушевные беседы и уходили от него просветленными.
Осенью 1941 года немцы оказались под Ленинградом и заняли Вырицу, отец Серафим, уже тяжело болевший, оказался в оккупации. В это время он стал молиться особенно усердно – часами простаивал на камне, совершая подвиг столпничества. В саду за домом из земли выступал огромный гранитный валун, перед которым росла яблонька. На ней укрепляли икону, а Серафим становился коленями на камень. Сам он дойти до камня не мог, его вели под руки, а иногда приносили на носилках. На камне старец молился часами и в дождь, и в летний зной, и в зимнюю стужу – все время, пока шла война.
Об удивительном праведнике прослышали даже оккупанты, которые неожиданно для местных прихожан стали ходить в церковь в военной форме. Приходили они и к Серафиму, который прекрасно владел немецким языком. Однажды пришедший к нему гитлеровский офицер спросил, скоро ли он маршем пройдет по Дворцовой площади. Старец смело ответил, что этому никогда не бывать, Германия проиграет войну, а сам он сложит голову под Варшавой. В 1980 году служивший под командованием этого немца румынский офицер приехал в Вырицу чтобы поклониться могиле Серафима, и сообщил, что предсказание полностью сбылось.
Местные жители считали, что именно благодаря Серафиму в Вырице творилось необыкновенное – во время войны ни один житель поселка не погиб, не был разрушен ни один дом, в поселке действовал храм – единственный во фронтовой полосе. Мало того, оккупационная часть, стоявшая в Вырице, оказалась составленной в основном из православных румын, многие из которых говорили по-русски.
Поразительными были его пророчества о России и грядущих событиях. Еще в 1927 году отец Серафим предсказал Вторую мировую войну. «Будет война, и война страшная, всемирная, она приведет народ России к Богу. И у нас эти же правители будут открывать храмы, хотя сейчас закрывают». Именно так и поступил Сталин, когда Гитлер напал на Россию: приказал открывать храмы, выпустил из лагерей священников, дал церкви послабления. В 1939 году Серафим Вырицкий уже не давал своим духовным детям благословения на брак. «Никакой свадьбы! Скоро будет великая война!» – говорил он.
Архиепископу Алексию (Симанскому) Серафим предсказал будущее патриаршество. Тот, опасаясь ареста или даже расстрела, пришел к нему за советом, спрашивал, не стоит ли покинуть Россию. Старец Серафим ответил: «Ничего не страшитесь. Владыка, вы нужны России. Вы будет патриархом 25 лет». Так и произошло. Алексий стал главой Русской православной церкви и находился на этом посту с 1945 по 1970 год.
Предсказывал он, что придет время, когда в России будут действовать православные радиостанции, в передачах которых можно будет услышать молитвы, душеполезные назидания, песнопения. Говорил о возрождении Александро-Невской лавры и что Ленинград будет снова переименован в Санкт-Петербург.