На первом же учении он показал себя умелым, как тогда говорили, «старым» офицером и расположил к себе цесаревича, который 24 сентября, т. е. всего через 3 недели, пожаловал Аракчеева «в артиллерии капитаны». Но не следует забывать: «гатчинским капитанам», на которых смотрели как на причуду цесаревича, не более, для утверждения чина требовалось решение военной коллегии. Но там председательствовал граф Н. И. Салтыков. Он прекрасно знал Аракчеева, поскольку Алексей Андреевич являлся репетитором его сыновей, потому и препятствий к утверждению в чине не объявилось.
Отсюда, казалось бы, можно начинать песнь о триумфальном шествии Аракчеева к вершинам власти! Только ничего подобного не происходило. Во-первых, и Павел-то Петрович, памятуя судьбу батюшки Петра III, при одной мысли о том, что матушка Екатерина может с ним сотворить, содрогался, понимая, что никакие гатчинские войска его защитить не смогут. Во-вторых, Аракчеев в «любимцы» не вышел, и хотя стал за удачную стрельбу из мортиры по редуту командиром всей артиллерийской «Его Императорского Высочества команды», даже через два с половиной года службы получил от Павла Петровича разнос со словами: «Кроме артиллерии ничего под командой вашей не состоит!» То есть знай свое место. Ты никто, и звать тебя никак!
Глотая слезы (Да, это так! Аракчеев был раним и слезлив!), Алексей Андреевич продолжал молиться и служить! И уж коли доверена была ему хотя и «карманная», но все же настоящая артиллерия, начал он в ней репетировать реформы, кои потом, войдя во власть, распространил по всей армии, сделав русскую артиллерию лучшей в мире.
А именно: «1) в 1793 г. арт. команда была разделена на 3 пеших и одно конное отделение, а „пятую часть“ составили фурлейты, понтонеры и мастеровые, причем во главе отделений (капральств) и „части“ были поставлены ответственные начальники; 2) к началу 1796 г. составлена особая инструкция, в которой с удивительной ясностью изложены права и обязанности каждого должностного лица и управление артиллерией; 3) Аракчеев составил план развертывания ее в 4-ротный полк; 4) установил весьма практичный „учебный способ“ действий при орудиях; 5) учредил „классы для преподавания военной науки“, чем облегчил комплектование команды не только отчасти нижними чинами, но и офицерами; 6) привил артиллерии подвижность, благодаря которой она на маневрах с участием всех родовых войск успешно исполняла свое назначение, и вообще довел специальную подготовку артиллерии до такой высокой степени, что артиллеристы Цесаревича весьма успешно исполняли особые сложные маневры.
Не меньшее внимание Аракчеев обратил и на устройство хозяйств, части, причем определил „должности“ чинов ее точной инструкцией. Кроме того, заведуя „классами военной науки“, Аракчеев принимал деятельное участие в составлении новых уставов строевой, гарнизонной и лагерной службы, впоследствии введенных во всей армии. Сохранились различные сказания о том, какими средствами достигал Аракчеев благоустройства вверенной ему команды, ее строевой выучки и дисциплины, каким зверствам и неистовствам предавался „гатчинский капрал“ в пылу ревностного исполнения служебных обязанностей: учил солдат по 12 часов кряду; вырывал у солдат усы, бил их нещадно, грубил офицерам и т. п. Принимая во внимание, что обо всем этом свидетельствуют такие „современники“, как граф Толь и Михайловский-Даниловский, которые могли передавать лишь слышанное от других, надлежит с особенным вниманием отнестись к документам. По „Книге приказаний при пароле с 5 июля по 15 ноября 1796 г.“ можно установить, что на все 135 сохранившихся записей на долю взысканий приходится всего 38 записей, из коих: 8 замечаний, 22 выговора, 3 вычета из жалованья, 2 ареста, 1 исключение во флот и 2 разжалования. За то же время под суд был отдан один (за побег), а случаев применения „прогнания сквозь строй“ не было ни одного, т. к. в записях не встречается никакого указания на наряд для этого части войск. Сохранившиеся судные дела показывают, что цесаревич зачастую отменял жестокие приговоры, постановленные по артикулам, конфирмуя „без наказания“. Приказы же самого Аракчеева содержат, например, ходатайство его о разжаловании фельдфебеля в рядовые за жестокое наказание им подчиненного».