Решение построить храм на месте убийства Александра II его наследник Александр III принял буквально на следующий день. Храм возводился на собранные по всей стране народом деньги как общенациональный историко-мемориальный комплекс с целью увековечить память царя-освободителя, его реформаторский курс и выразить покаяние народа России. Спас на Крови был одним из трех храмов (еще Исаакиевский собор и храм Христа Спасителя в Москве), которые находились целиком на государственном содержании. Он не был приходским, там никого не крестили, не отпевали.
Строили его долго – с 1889 по 1907 годы по проекту архитекторов А. Парланда и И. Малышева, архимандрита Троице-Сергиевой пустыни в стиле допетровской Руси. Именно по этой причине он напоминает храм Василия Блаженного в Москве. Одно из главных его украшений – великолепные мозаики, созданные по оригиналам замечательных художников Васнецова и Нестерова, уникальные цветные мраморы, глазурованная черепица и изысканные эмалевые покрытия пяти куполов. Колокольню украшают гербы городов и губерний Российской империи. В 1892 году напротив колокольни возвели широкое деревянное покрытие Екатерининского канала, наподобие Синего и Казанского мостов, образовавшее выложенную брусчаткой площадь перед входом в храм.
Для Петербурга с его строгой классической архитектурой храм выглядит необычно. На нем так много ярких декоративных украшений, что буквально рябит в глазах. Однако все они – не только «красоты ради», а имеют глубокий смысл. Знаменитый критик Стасов писал, что в орнаменте древних не было ни одной лишней черты. Например, на обрамлениях икон мы видим рельефные изображения 6-лепестковых цветов. В центре кокошников окон изображены равносторонние кресты в круге. Это – древнейшие символы, которые встречаются на памятниках цивилизаций как Востока, так и Запада. Распускающийся цветок символизирует развитие, становление, возникновение Вселенной из центра – точки, не имеющей размеров. Она символизирует Первопричину, или Высший принцип. А равносторонний крест в круге имеет значение расширения Вселенной по четырем направлениям («на все четыре стороны»). Как это ни удивительно, но такое представление древних о становлении мира из точки полностью соответствует современным открытиям физиков – теории Большого взрыва и расширяющийся Вселенной.
Вход в храм представляет собой крыльцо с навесом, опирающимся на столбы – балясины. Балясина означает божественное оружие – громовую дубину Перуна (молнию). На крестьянских избах подобие Перуна, «громовики», ставились на конек крыши для защиты от молнии. Таким образом, вход в храм, да и все здание в целом, символически защищалось от молний и от всех других катастроф.
В 1930 году президиум ВЦИК принял решение закрыть храм. Он был передан Обществу политкаторжан, однако те никак не могли придумать, как использовать громадное здание. В ноябре 1931 года Областная комиссия по вопросам культов приняла решение о его разборке на части. Внутреннее убранство ободрали, многие ценности сняли, еще раньше вывезли все хранившиеся в храме церковные сокровища, золотую и серебряную утварь, ценнейшие иконы. Однако сразу разобрать здание, построенное необыкновенно прочно, на века, не смогли. Повторное решение об уничтожении шедевра архитектуры приняли в 1938 году, наметив акцию по его взрыву на 1941 год. Только начало войны спасло Спас на Крови от разрушения. А во время осады Ленинграда храм снова стоял, как заговоренный, немецкие бомбы и снаряды не могли ему повредить. Однако ободранное и заброшенное здание все-таки начало медленно разрушаться от воды и сырости. Влага проникала сквозь разбитые окна, пробитые осколками отверстия в стенах и потолке. После войны собор арендовал Малый оперный театр. Его руководители не нашли ничего лучшего, как использовать храм под склад декораций. А в 1956 году храм снова задумали снести. На этот раз под предлогом устройства новой транспортной магистрали. Более ста церквей варварски уничтожили в Петербурге коммунисты, однако Спас на Крови опять загадочным образом уцелел.
Только в 1970 году Исполком Ленгорсовета принял решение «Об организации филиала музея «Исаакиевский собор» в здании бывшего храма Спаса на Крови». Храм уже находился в аварийном состоянии и требовал срочной реставрации. На нем установили леса, которые, как уже сказано выше, простояли более 30 лет. А первое богослужение в отреставрированном здании состоялось 3 мая 2004 года. И вот в итоге удивительная историческая параллель: храм, возведенный на месте злодейского убийства революционерами царя, стал символом краха СССР.