Путин резко отреагировал на очевидные претензии олигарха, вознамерившегося в будущем занять пост президента России: «У нас есть, - сказал президент, - категория людей, которые разбогатели и стали миллиардерами, как у нас говорят, в одночасье. Их государство назначило миллиардерами - просто раздало государственное имущество практически бесплатно. Они так и сами говорили: меня назначили миллиардером. Потом, по ходу пьесы, у них создалось впечатление, что на них Боженька заснул, что им все можно, и, по сути, была попытка создать в России систему такого олигархического правления, когда за спиной видимых политических фигур вставали люди, которые на поверхности себя не показывали, но реально формулировали решения общенационального значения». [75 - «Время новостей». 7 октября 2003 г.]
Этим высказыванием В. Путин охарактеризовал не только режим власти, сложившийся при Б. Ельцине, но и тот, который он сам олицетворял, поскольку фактическая власть в стране была в руках финансово-промышленной олигархии, но, правда, «равноудаленной» от непосредственных рычагов власти. М. Ходорковский, не подумав как следует, решил нарушить сложившуюся «гармонию» между реальной и фактической властью и «приблизиться к трону», за что горько поплатился.
Михаил Ходорковский не только проигнорировал грозный окрик из Кремля, но и не сделал необходимых выводов из развернувшегося уголовного преследования его личного друга и совладельца компании «ЮКОС» Платона Лебедева. Генпрокуратура выдвинула против Лебедева обвинения по трем статьям УК, в которых речь идет главным образом о хищениях и мошенничестве, а также неуплате налогов. Одновременно с Лебедевым был арестован один из руководителей охранных структур «ЮКОСа» бывший офицер ФСБ Алексей Пичугин, которого обвинили среди прочего в исполнении заказных убийств. Возникла угроза привлечения к уголовной ответственности и Леонида Невзлина, который подозревался как раз в качестве заказчика и организатора убийств, осуществленных А. Пичугиным. В самых разных подразделениях «ЮКОСа» были произведены обыски и выемки документов, что должно было бы послужить сигналом для М. Ходорковского, что следующим уже будет он. Правильно понял сигнал Л. Невзлин, который во время ареста П. Лебедева находился в «рабочей поездке по университетам Европы в качестве ректора РГГУ», - так сообщила в печать пресс-служба «ЮКОСа». Узнав об аресте П. Лебедева, Невзлин в Москву не вернулся, а выехал в Израиль, где обратился к министру внутренних дел Израиля А. Поразу с ходатайством о предоставлении ему израильского гражданства.
М. Ходорковский вступил в открытую борьбу с президентом России. На всевозможных международных форумах он громко заявлял, что не собирается эмигрировать из России, что он будет продолжать в России свой бизнес и свою общественную деятельность, и что он больше всего озабочен сегодня строительством гражданского общества в России. Не удержался он и от одной, весьма примечательной фразы: «Я не позволю, чтобы мне диктовали, что я должен делать с моими миллиардами» [76 - «Время новостей». 1 октября 2003 г.], которую он произнес на собрании Германской экономической элиты, проходившего 29 сентября 2003 года в берлинском отеле «Адлон». Это был открытый вызов В. Путину, который в свое время решительно выступил против предложения М. Ходорковского о строительстве частных нефтепроводов. Дальнейшие события развивались молниеносно, и М. Ходорковский оказался там же, где и П. Лебедев - на нарах в Краснокаменской колонии под Читой. Однако обвинительное заключение по «делу Ходорковского» не содержало никаких политических обвинений, там фигурировали банальные уголовные преступления: хищения, как государственных средств, так и доверенных ему средств частных лиц, уклонение от уплаты налогов (физического лица и организации), мошенничество и подделка документов, злоупотребление доверием и неисполнение решений суда. В большинстве случаев указано: «в крупных размерах» или даже «в особо крупных размерах». Только общие убытки государства от неуплаты налогов исчислялись миллиардами долларов. То есть М. Ходорковскому инкриминировали целый «джентльменский набор» преступлений, которые могли и (могут) быть предъявлены любому олигарху из длинного перечня российских долларовых миллиардеров, (по оценкам журнала «Форбс», их свыше 100 человек), наживших эти миллиарды, по признанию самого В. Путина, преступным путем.
После эмоционального выступления В. Путина на совещании ведущих членов правительства 27 октября 2004 года, на котором обсуждалась ситуация, сложившаяся в стране в связи с делом «ЮКОСа», в отставку подал Александр Волошин, один из ведущих фигурантов «семьи» Б. Ельцина. А. Волошин, будучи главой Администрации президента, поддерживал дружеские связи с М. Ходорковским, но переоценил степень своего влияния на решения президента, а также серьезность и остроту конфликта. Вскоре свой пост был вынужден покинуть и М. Касьянов.