Летом 1997 года В. Путин впервые лично познакомился с Б. Ельциным, поскольку по занимаемой должности он был обязан время от времени докладывать президенту. Б. Ельцин об этих встречах вспоминает в своих мемуарах: «Иногда Путин оставался в администрации за старшего. И тогда встречаться нам приходилось чаще. Путинские доклады были образцом ясности. Он старательно не хотел «общаться», как другие замы, то есть излагать свои концепции, воззрения на мир и на Россию; казалось, специально убирал из наших контактов какой бы то ни было личный элемент. Но именно поэтому мне и хотелось с ним поговорить! Поразила меня и молниеносная реакция Путина. Порой мои вопросы, даже самые незамысловатые, заставляли людей краснеть и мучительно подыскивать слова. Путин отвечал настолько спокойно и естественно, что было ощущение, будто этот молодой, по моим меркам, человек готов абсолютно ко всему в жизни, причем ответит на любой вызов ясно и четко. Вначале меня это даже настораживало, но потом я понял — такой характер».[44]
Пользуясь все возрастающим доверием президента, В. Путин нашел подходящий момент, чтобы реабилитировать себя за самовольные действия, способствовавшие побегу А. Собчака за границу в самый неблагоприятный для него момент, когда, с одной стороны, он лежал в госпитале с обширным инфарктом, а, с другой стороны, Генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов по «делу» Собчака направил с санкции самого Б. Ельцина в Санкт-Петербург специальную следственную бригаду во главе с генералом Леонидом Прошкиным, заместителем начальника следственного управления. Многие «демократы», в частности, А. Чубайс, Б. Немцов и В. Юмашев обращались в начале ноября 1997 года к Б. Ельцину с просьбой о защите А. Собчака от уголовного преследования. В. Путин не стал обращаться к президенту, а 3 или 4 ноября тайно приехал в Санкт-Петербург и, пользуясь своими связями в Ленинградском Управлении ФСБ, организовал фактически похищение А. Собчака из клиники профессора Юрия Шевченко — главного кардиохирурга Санкт-Петербурга, будущего Министра здравоохранения РФ. «Тяжелобольного А. Собчака вынесли на носилках во внутренний двор клиники, поместили в машину «скорой помощи» и выехали в аэропорт Пулково, где его ждал финский самолет, специально оборудованный для перевозки таких больных. Аренда этого самолета у частной финской медицинской компании обошлась анонимному нанимателю в 30 тысяч долларов».[45]
Похищение А. Собчака из тщательно охраняемой клиники было осуществлено 7 ноября, поэтому отсутствие Собчака было обнаружено только 10 ноября. Это стало сенсацией, некоторые сравнивали побег Собчака из ельцинской России с побегом дочери И. Сталина Светланы Аллилуевой из брежневского СССР в 1967 году.
Для последующей репутации операция «похищение» имела для В. Путина чрезвычайно важное значение. С одной стороны, он раз и навсегда реабилитировал себя за фактическое предательство А. Собчака в июле 1996 года, о чем уже сказано выше, и в глазах «демократов» остался верным «собчаковцем». С другой стороны, он очень тонко рассчитал момент, когда можно было признаться своему новому покровителю о мотивах его личного участия в организации побега А. Собчака.
Летом 1998 года в условиях все более обострявшегося политического и социального кризиса Б. Ельцин решил заменить руководство ФСБ, освободив от должности директора ФСБ генерала армии Николая Дмитриевича Ковалева, профессионального чекиста, работавшего здесь с 1974 года. Президента, очевидно, не устраивал как авторитет Ковалева у оперативных работников ФСБ, так и независимость его суждений по ключевым вопросам безопасности страны.
«Я задумался, — пишет он, — кого ставить вместо Ковалева? Ответ пришел мгновенно: Путина! Во-первых, он немало лет проработал в органах. Во-вторых, прошел огромную управленческую школу. Но главное, чем дольше я его знал, тем больше убеждался: в этом человеке сочетаются огромная приверженность демократии, рыночным реформам и твердый государственный патриотизм»[46]. Назначение состоялось указом президента от 25 июля 1998 года.
Назначив В. Путина директором ФСБ, Б. Ельцин предложил ему вернуться на военную службу и получить генеральское звание. Однако В. Путин от этого предложения (получение генеральского звания) решительно отказался. «А зачем? — неожиданно ответил В. Путин. — Я уволился из органов 20 августа 1991 года. Я гражданский человек. Важно, чтобы силовое ведомство возглавил именно гражданский. Если позволите, останусь полковником запаса».[47]
Деятельность Путина в качестве директора ФСБ, подчинявшегося непосредственно президенту, отчасти координировалась премьер-министром. Премьер-министром в тот момент был Сергей Кириенко. Он представил нового руководителя аппарату ФСБ, охарактеризовав Путина как человека, имеющего опыт работы в спецслужбах и борьбы с экономической преступностью.