Президент во всех начинаниях поддерживал нового премьера, однако многие политики и СМИ постоянно задавались вопросом: насколько прочной и искренней является эта поддержка? Всячески раздувались слухи, что Б. Ельцин недоволен растущей популярностью В. Путина. Даже сам В. Путин позднее признавал, что он опасался опалы и неожиданной отставки, хотя и надеялся, что продержится на новом посту не менее трех месяцев.
У Б. Ельцина были другие мысли о будущем своего премьера. Потеряв уважение и поддержку у населения, он наконец-то понял, что его время стремительно уходит, и он сам начал готовиться к уходу. Перед ним сейчас стояла самая главная проблема — проблема преемника, и именно рост популярности Путина и победа на выборах поддержанной Путиным коалиции «Единство», подтолкнули и Ельцина к принятию самых важных для него и для страны, но неожиданных для его окружения, решений.
Проблема преемственности власти заботила Б. Ельцина с первых дней его восшествия на Олимп российской власти, когда он подстраховал себя постом и фигурой вице-президента. Горько разочаровавшись в «предателе» А. Руцком, в дальнейшем он неоднократно разыгрывал спектакли по поиску преемника в назначении и смене доброй полдюжины премьер-министров (Е. Гайдар, В. Черномырдин, С. Кириенко, Е. Примаков, С. Степашин и, наконец, В. Путин), каждого из которых он в той или иной степени рассматривал через призму преемственности. В обойму «кандидатов на престол» были включены и другие лица, например, вице-премьеры Б. Немцов и Н. Аксененко, а ранее, еще в 1993–1995 годах, его фаворитами были попеременно Сергей Шахрай, Владимир Шумейко, Олег Сосковец и, наконец, Александр Лебедь, своим верноподданническим шагом способствовавший победе Б. Ельцина во 2-м туре президентских выборов над Геннадием Зюгановым в 1996 году.
Спектакль по поиску преемника затягивался, становился похожим на грандиозную клоунаду, но, с другой стороны, многие серьезные политологи, российские и западные журналисты писали о поисках преемника, как о некоем «заговоре», в котором главную роль на самом деле играл не Б. Ельцин, а такие влиятельные олигархи, как Борис Березовский, Владимир Гусинский и Михаил Ходорковский. Иные во всем видели происки КГБ — ФСБ и военных, однако, несмотря на безусловное влияние «семьи» на президента при принятии им ответственных для страны решений, выбор В. Путина в качестве преемника был сделан самим Б. Ельциным, равно как и решение о своем уходе в канун нового, 2000 года.
Однако все это будет несколько позднее, но прежде необходимо было «заработать» безупречный авторитет у большинства населения страны, и молниеносная победоносная война была бы здесь очень кстати. Началу второй чеченской войны предшествовали несколько жесточайших террористических актов, сопровождавшихся большими человеческими жертвами.
4 сентября 1999 г. в дагестанском городе Буйнакск был взорван начиненный взрывчаткой автомобиль, припаркованный невдалеке от жилого дома в военном городке. Погибли 64 жителя, военные и члены их семей. В тот же день в Буйнакске обнаружили заминированный автомобиль ЗИЛ-130, в котором находились 2706 килограммов взрывчатого вещества. Автомобиль стоял на стоянке в районе жилых домов и военного госпиталя. Взрыв был предотвращен только благодаря бдительности местных граждан. Иными словами, второй теракт в Буйнакске предотвратили не спецслужбы, а граждане. Это обстоятельство дало основание для появления кривотолков, что теракт подготовили и осуществили спецслужбы России, якобы для обоснования в последующем начала второй чеченской войны.
В средствах массовой информации появились сообщения, что теракт в Буйнакске 4 сентября был подготовлен и осуществлен Главным разведывательным управлением Генштаба РФ во главе с генерал-полковником Валентином Корабельниковым. Операцией якобы руководил начальник 14-го управления Главного разведывательного управления генерал-лейтенант Костечко.
Осуществлением теракта занималась группа офицеров ГРУ из двенадцати человек, посланная для этого в командировку в Дагестан. Известно об этом стало якобы из показаний старшего лейтенанта ГРУ Алексея Галкина, взятого в плен чеченской стороной в ноябре 1999 г. Понятно, что показания Галкина были даны им под пытками. Однако можно было предположить, что Галкин и под пытками дал правдивые показания. По крайней мере позже, бежав из плена и дав 2 декабря 2002 г. второе (добровольное) интервью «Новой газете», Галкин не стал утверждать, что в плену оболгал ГРУ и сотрудников своей группы.
Через несколько дней после подрыва жилого дома в Буйнакске произошли подобные теракты в Москве и Волгодонске. Ранним утром 9 сентября был взорван жилой дом на улице Гурьянова в Москве. Ранним утром 13 сентября взлетел еще один дом столицы: на Каширском шоссе. 16 сентября взорвался жилой дом в Волгодонске. Вечером 22 сентября местными жителями и милицией был предотвращен подрыв жилого дома в Рязани.