3. Органы Третьего управления организуют борьбу с диверсионными группами и отдельными диверсантами противника, используя приданные им воинские подразделения.
4. По всем выявленным недочетам оперативный состав немедленно должен проинформировать командование и добиваться их устранения.
5. Органы Третьего управления срочно сообщают в вышестоящие органы Управления по всем недочетам в боевом обеспечении и политическом состоянии частей и о проявлениях вражеской деятельности и принятым мерам.
6. Органы Третьего управления производят дознание, расследование и следствие по всем фактам и случаям преступной деятельности как военнослужащих, так и лиц гражданского окружения по делам, связанным с военнослужащими:
а) по всем пунктам ст. 58 УК РСФСР и соответствующим статьям УК национальных республик;
б) по ст. 193, пп. 20, 21, 22, 23, 24, 25 и соответствующим статьям УК национальных республик.
7. Начальники органов Третьего управления имеют право производить аресты военнослужащих всех степеней за совершенные преступления по получении соответствующей санкции вышестоящего начальника органов Третьего управления и командования:
а) лиц рядового и младшего начсостава — с санкции командира дивизии, корпуса;
б) лиц среднего начсостава — с санкции военного совета армии, фронта;
в) [лиц] старшего и высшего начсостава — с санкции народного комиссара обороны.
8. Органы Третьего управления имеют право постановки вопроса перед командованием о переводе военнослужащих рядового и младшего начсостава, а в отдельных случаях — среднего начсостава из одной части в другую по соображениям оперативного характера…».
Постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) от 17 июля 1941 г. № 187 органы Третьего управления НКО СССР вновь были преобразованы в Особые отделы (отделения — в дивизиях) и подчинены созданному Управлению особых отделов НКВД СССР. Оперативные уполномоченные особых отделов НКВД в полках и дивизиях одновременно подчинялись соответствующим комиссарам.
В этом постановлении также говорилось:
«3. Главной задачей особых отделов на период войны считать решительную борьбу со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидацию дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе.
4. Дать особым отделам право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела их на месте.
5. Обязать НКВД дать в распоряжение особых отделов необходимые вооруженные отряды из войск НКВД.
6. Обязать начальников охраны тыла иметь прямую связь с особыми отделами и оказывать им всяческую поддержку.
Председатель Государственного Комитета Обороны И. Сталин».
19 июля начальником Управления особых отделов (УОО) НКВД СССР был назначен В. С. Абакумов[18], сохранивший при этом занимаемый им с 25 февраля 1941 г. пост заместителя наркома внутренних дел.
Помимо выполнения собственно оперативно-чекистских функций, оперативный состав особых отделов НКВД принимал участие в боевых действиях на фронте, а также в проведении операций по борьбе с парашютными десантами противника, захвату вражеских агентов, дезертиров, участников разного рода бандитско-повстанческих формирований.
Для решения этих задач в соответствии с приказом НКВД от 19 июля 1941 г. при особых отделах дивизий и корпусов были сформированы отдельные стрелковые взводы, при особых отделах армий — отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов — отдельные стрелковые батальоны.
И в частях Действующей Армии, и в особых отделах военных округов при проведении оперативно-чекистских мероприятий военные чекисты также несли боевые потери. Только с 22 июня 1941 г. по 1 марта 1943 г. особые отделы НКВД СССР потеряли 3725 своих сотрудников убитыми, 3520 — ранеными и 3092 человек пропавшими без вести.
В этой связи НКВД СССР заблаговременно предпринимались меры для восполнения потерь военных чекистов: в особые отделы направлялись сотрудники территориальных органов госбезопасности, выпускники ускоренных курсов школ НКВД, призывались офицеры запаса органов госбезопасности, велся подбор кандидатов на обучение среди добровольцев, массово штурмовавших военкоматы с требованием отправить их на фронт, а также среди воинов, проявивших мужество и героизм в боях, в период их нахождения на излечении в госпиталях после полученных ранений…
С 22 июня войска Закавказского военного округа (23 августа 1941 г. он был преобразован в Закавказский фронт), заместителем начальника Третьего отдела которого продолжал службу П. И. Ивашутин, выполняли задачи по противодесантной обороне Черноморского побережья и прикрытия государственной границы СССР от Черного до Каспийского моря.